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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CGCAGCCGTAAAACTACTTGCTCTTTCCCTCGTGATCGAGACATCGCGCATCTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGCTTGTTCGCTTTCTACCCGCCACCATGAgtacgttcgctattctatcgttaagagcgtaggatctgaacatatccgcttctatagcgaatcctcaaagtgaaggcgttgtagggttgtagagtttgtttagacatcgaaattcttatagttttctgttttttttttttttttttttttttttttttgatgttgtgctgtttttggtttgtggtaccgggcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S97_259V6.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162274218|gb|FC449978.1|FC449978
EST:     TCTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGCTTGTTCGCTTTCTACCCGCCACCATGA                         GTAAGGTTCATGGATCCTTGGCCCGTGCCGGTAAGGTGCGTGGTCAGACGC
genomic: TCTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGCTTGTTCGCTTTCTACCCGCCACCATGAgtacgttcgc ... taccgggcagGTAAGGTTCATGGATCCTTGGCCCGTGCCGGTAAGGTGCGTGGTCAGACGC
EST: gi|162278104|gb|FC453923.1|FC453923
EST:     TCTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGCTTGTTCGCTTTCTACCCGCCACCATGA                         GTAAGGTTCATGGATCCTTGGCCCGTGCCGGTAAGGTGCGTGGTCAGACGC
genomic: TCTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGCTTGTTCGCTTTCTACCCGCCACCATGAgtacgttcgc ... taccgggcagGTAAGGTTCATGGATCCTTGGCCCGTGCCGGTAAGGTGCGTGGTCAGACGC
EST: gi|67692486|gb|BJ952719.1|BJ952719
EST:     TCTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGCTTGTTCGCTTTCTACCCGCCACCATGA                         GTAAGGTTCATGGATCCTTGGCCCGTGCCGGTAAGGTGCGTGGTCAGACGC
genomic: TCTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGCTTGTTCGCTTTCTACCCGCCACCATGAgtacgttcgc ... taccgggcagGTAAGGTTCATGGATCCTTGGCCCGTGCCGGTAAGGTGCGTGGTCAGACGC
EST: gi|162216409|gb|FC393242.1|FC393242
EST:     TCTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGCTTGTTCGCTTTCTACCCGCCACTATGA                         GTAAGGTTCATGGATCCTTGGCCCGTGCCGGTAAGGTGCGTGGTCAGACGC
genomic: TCTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGCTTGTTCGCTTTCTACCCGCCACCATGAgtacgttcgc ... taccgggcagGTAAGGTTCATGGATCCTTGGCCCGTGCCGGTAAGGTGCGTGGTCAGACGC
EST: gi|18343785|gb|BJ175823.1|BJ175823
EST:     TCTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGCTTGTTCGCTTTCTACCCGCCACCATGA                         GTAAGGTTCATGGATCCTTGGCCCGTGCCGGTAAGGTGCGTGGTCAGACGC
genomic: TCTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGCTTGTTCGCTTTCTACCCGCCACCATGAgtacgttcgc ... taccgggcagGTAAGGTTCATGGATCCTTGGCCCGTGCCGGTAAGGTGCGTGGTCAGACGC
EST: gi|67699773|gb|BJ960006.1|BJ960006
EST:     TCTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGCTTGTTCGCTTTCTACCCGCCACCATGA                         GTAAGGTTCATGGATCCTTGGCCCGTGCCGGTAAGGTGCGTGGTCAGACGC
genomic: TCTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGCTTGTTCGCTTTCTACCCGCCACCATGAgtacgttcgc ... taccgggcagGTAAGGTTCATGGATCCTTGGCCCGTGCCGGTAAGGTGCGTGGTCAGACGC
EST: gi|18335631|gb|BJ167651.1|BJ167651
EST:     TCTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGCTTGTTCGCTTTCTACCCGCCACCATGA                         GTAAGGTTCATGGATCCTTGGCCCGTGCCGGTAAGGTGCGTGGTCAGACGC
genomic: TCTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGCTTGTTCGCTTTCTACCCGCCACCATGAgtacgttcgc ... taccgggcagGTAAGGTTCATGGATCCTTGGCCCGTGCCGGTAAGGTGCGTGGTCAGACGC
EST: gi|162227643|gb|FC402324.1|FC402324
EST:     TCTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGCTTGTTCGCTTTCTACCCGCCACTATGA                         GTAAGGTTCATGGATCCTTGGCCCGTGCCGGTAAGGTGCGTGGTCAGACGC
genomic: TCTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGCTTGTTCGCTTTCTACCCGCCACCATGAgtacgttcgc ... taccgggcagGTAAGGTTCATGGATCCTTGGCCCGTGCCGGTAAGGTGCGTGGTCAGACGC
EST: gi|18347831|gb|BJ179878.1|BJ179878
EST:     TCTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGCTTGTTCGCTTTCTACCCGCCACCATGA                         GTAAGGTTCATGGATCCTTGGCCCGTGCCGGTAAGGTGCGTGGTCAGACGC
genomic: TCTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGCTTGTTCGCTTTCTACCCGCCACCATGAgtacgttcgc ... taccgggcagGTAAGGTTCATGGATCCTTGGCCCGTGCCGGTAAGGTGCGTGGTCAGACGC
EST: gi|162278103|gb|FC453922.1|FC453922
EST:     TCTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGCTTGTTCGCTTTCTACCCGCCACCATGA                         GTAAGGTTCATGGATCCTTGGCCCGTGCCGGTAAGGTGCGTGGTCAGACGC
genomic: TCTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGCTTGTTCGCTTTCTACCCGCCACCATGAgtacgttcgc ... taccgggcagGTAAGGTTCATGGATCCTTGGCCCGTGCCGGTAAGGTGCGTGGTCAGACGC
EST: gi|18327360|gb|BJ159362.1|BJ159362
EST:     TCTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGCTTGTTCGCTTTCTACCCGCCACCATGA                         GTAAGGTTCATGGATCCTTGGCCCGTGCCGGTAAGGTGCGTGGTCAGACGC
genomic: TCTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGCTTGTTCGCTTTCTACCCGCCACCATGAgtacgttcgc ... taccgggcagGTAAGGTTCATGGATCCTTGGCCCGTGCCGGTAAGGTGCGTGGTCAGACGC
EST: gi|18351472|gb|BJ183524.1|BJ183524
EST:     TCTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGCTTGTTCGCTTTCTACCCGCCACCATGA                         GTAAGGTTCATGGATCCTTGGCCCGTGCCGGTAAGGTGCGTGGTCAGACGC
genomic: TCTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGCTTGTTCGCTTTCTACCCGCCACCATGAgtacgttcgc ... taccgggcagGTAAGGTTCATGGATCCTTGGCCCGTGCCGGTAAGGTGCGTGGTCAGACGC
EST: gi|37830817|gb|BJ588829.1|BJ588829
EST:     TCTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGCTTGTTCGCTTTCTACCCGCCACCATGA                         GTAAGGTTCATGGATCCTTGGCCCGTGCCGGTAAGGTGCGTGGTCAGACGC
genomic: TCTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGCTTGTTCGCTTTCTACCCGCCACCATGAgtacgttcgc ... taccgggcagGTAAGGTTCATGGATCCTTGGCCCGTGCCGGTAAGGTGCGTGGTCAGACGC
EST: gi|37822977|gb|BJ581043.1|BJ581043
EST:     TCTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGCTTGTTCGCTTTCTACCCGCCACCATGA                         GTAAGGTTCATGGATCCTTGGCCCGTGCCGGTAAGGTGCGTGGTCAGACGC
genomic: TCTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGCTTGTTCGCTTTCTACCCGCCACCATGAgtacgttcgc ... taccgggcagGTAAGGTTCATGGATCCTTGGCCCGTGCCGGTAAGGTGCGTGGTCAGACGC
EST: gi|67569232|gb|BJ942056.1|BJ942056
EST:     TCTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGCTTGTTCGCTTTCTACCCGCCACCATGA                         GTAAGGTTCATGGATCCTTGGCCCGTGCCGGTAAGGTGCGTGGTCAGACGC
genomic: TCTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGCTTGTTCGCTTTCTACCCGCCACCATGAgtacgttcgc ... taccgggcagGTAAGGTTCATGGATCCTTGGCCCGTGCCGGTAAGGTGCGTGGTCAGACGC
EST: gi|37826921|gb|BJ584933.1|BJ584933
EST:     TCTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGCTTGTTCGCTTTCTACCCGCCACCATGA                         GTAAGGTTCATGGATCCTTGGCCCGTGCCGGTAAGGTGCGTGGTCAGACGC
genomic: TCTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGCTTGTTCGCTTTCTACCCGCCACCATGAgtacgttcgc ... taccgggcagGTAAGGTTCATGGATCCTTGGCCCGTGCCGGTAAGGTGCGTGGTCAGACGC
EST: gi|67576266|gb|BJ949090.1|BJ949090
EST:     CTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGCTTTGTTCGCTTTCTACCCGCCACCATGA                         GTAAGGTTCATGGATCCTTGGCCCGTGCCGGTAAGGTGCGTGGTCAGACGC
genomic: CTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGC-TTGTTCGCTTTCTACCCGCCACCATGAgtacgttcgc ... taccgggcagGTAAGGTTCATGGATCCTTGGCCCGTGCCGGTAAGGTGCGTGGTCAGACGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 34 (upstream exon), 32 (downstream exon)
Score: 26

CGCAGCCGTAAAACTACTTGCTCTTTCCCTCGTGATCGAGACATCGCGCATCTTGAGTCGTCTCTGCTTCCGCTTGTTCGCTTTCTACCCGCCACCATGAgtacgttcgc ... taccgggcagGTAAGGTTCATGGATCCTTGGCCCGTGCCGGTAAGGTGCGTGGTCAGACGCCCAAGGTTGCCAAGCAGGACAAGAAGAAGAAGCCAAAGGGTCGTGCCCA




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