Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagctcctgccatcttacatccctctgtaagaaggcatattgtgaacagctttggatatgttatggaaaggttctttgcgcgatctgatgctgtttgtgttgtcggttgcagGCACTTATACCAAATATTTCTGTTGGATTGGATCAGAAGATTGTTTTGCCACGTGATTCATACCTTCAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S96_146V6.1
intron # 22
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100389697|gb|BY952503.1|BY952503
EST:     TAAAAGCGTGTGTGGTGGCAATTTTCTTTGGCCTCCTGTTCGCGAGTATT                         GCACTTATACCAAATATTTCTGTTGGATTGGATCAGAAGATTGTTTTGCCA
genomic: TAAAAGCGTGTGTGGTGGCAATTTTCTTTGGCCTCCTGTTCGCGAGTATTgtaagctcct ... tcggttgcagGCACTTATACCAAATATTTCTGTTGGATTGGATCAGAAGATTGTTTTGCCA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgttatggaaaggttctttgcgcgatctgatgctgtttgtgttgtcggttgcagGCACTTATACCAAATATTTCTGTTGGATTGGATCAGAAGATTGTTTTGCCACGTGATTCATACCTTCAG
                         atctgat  putative branch site (score: 4)