Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGTTGGGTACGAATGGATCGTTGGACGGACAACAGCGTCTGGTTGTTAAAGGTCGATTTGCTCCGAAGGCTTTTGAGGGTATTTTGAGGCGCTATATCAgtaagtcccttcacatttgtttgctctggtgttgacatttggacgatattatcaactgcagattggctgatgtatttgttgagttttctgcttctgatga...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S93_178V6.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37839174|gb|BJ597182.1|BJ597182
EST:     AGGTCGATTTGCTCCGAAGGCTTTTGAGGGTATTTTGAGGCGCTATATCA                         ATGAGTATGTTATGTGCAATGGTTGTAAGAGTCCGGACACCATCCTTACCA
genomic: AGGTCGATTTGCTCCGAAGGCTTTTGAGGGTATTTTGAGGCGCTATATCAgtaagtccct ... cttgttgcagATGAGTATGTTATGTGCAATGGTTGTAAGAGTCCGGACACCATCCTTACCA
EST: gi|162250609|gb|FC428200.1|FC428200
EST:     AGGTCGATTTGCTCCGAAGGCTTTTGAGGGTATTTTGAGGCGCTATATCA                         ATGAGTATGTTATGTGCAATGGTTGTAAGAGTCCGGACACCATCCTTACCA
genomic: AGGTCGATTTGCTCCGAAGGCTTTTGAGGGTATTTTGAGGCGCTATATCAgtaagtccct ... cttgttgcagATGAGTATGTTATGTGCAATGGTTGTAAGAGTCCGGACACCATCCTTACCA
EST: gi|208388404|gb|DC957042.1|DC957042
EST:     AGGTCGATTTGCTCCGAAGGCTTTTGAGGGTATTTTGAGGCGCTATATCA                         ATGAGTATGTTATGTGCAATGGTTGTAAGAGTCCGGACACCATCCTTACCA
genomic: AGGTCGATTTGCTCCGAAGGCTTTTGAGGGTATTTTGAGGCGCTATATCAgtaagtccct ... cttgttgcagATGAGTATGTTATGTGCAATGGTTGTAAGAGTCCGGACACCATCCTTACCA
EST: gi|208383473|gb|DC923625.1|DC923625
EST:     AGGTCGATTTGCTCCGAAGGCTTTTGAGGGTATTTTGAGGCGCTATATCA                         ATGAGTATGTTATGTGCAATGGTTGTAAGAGTCCGGACACCATCCTTACCA
genomic: AGGTCGATTTGCTCCGAAGGCTTTTGAGGGTATTTTGAGGCGCTATATCAgtaagtccct ... cttgttgcagATGAGTATGTTATGTGCAATGGTTGTAAGAGTCCGGACACCATCCTTACCA
EST: gi|18333977|gb|BJ165993.1|BJ165993
EST:     AGGTCGATTTGCTCCGAAGGCTTTTGAGGGTATTTTGAGGCGCTATATCA                         ATGAGTATGTTATGTGCAATGGTTGTAAGAGTCCGGACACCATCCTTACCA
genomic: AGGTCGATTTGCTCCGAAGGCTTTTGAGGGTATTTTGAGGCGCTATATCAgtaagtccct ... cttgttgcagATGAGTATGTTATGTGCAATGGTTGTAAGAGTCCGGACACCATCCTTACCA
EST: gi|162250610|gb|FC428201.1|FC428201
EST:     AGGTCGATTTGCTCCGAAGGCTTTTGAGGGTATTTTGAGGCGCTATATCA                         ATGAGTATGTTATGTGCAATGGTTGTAAGAGTCCGGACACCATCCTTACCA
genomic: AGGTCGATTTGCTCCGAAGGCTTTTGAGGGTATTTTGAGGCGCTATATCAgtaagtccct ... cttgttgcagATGAGTATGTTATGTGCAATGGTTGTAAGAGTCCGGACACCATCCTTACCA