Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatggctggattagggcgatttgttgataatcggtgattgcgaggtgagggttgtgtggatgctgtgagggtgaaaatagtttttcatggacgtggcgatacggaattgcgacaagcgtattgggtgtgcatgtgctgaggggttgtgagtgtggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAACATTGCTGATTTCGAAGATCCGTGAGGAGTACCCCGATAGGATGATGCT

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S93_158V6.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S93_158V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 1
lower sequence: EDP02933 (Chlamydomonas reinhardtii), 3'ss of exon 3
gtatggctggattagggcgatttgttgataatcggtgattgcgaggtgagggttgtgtggat-gctgtgagggtgaaaatagtttttcatggacgtggcgatacggaattgcgacaagcgtattgggtgtgcatgtgctgaggggttgtgagtgtggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAACATTGCTGATTTCGAAGATCCGTGAGGAGTACCCCGATAGGATGATGCT
                | ||   |||    |  ||   | | |  || ||   ||| ||||  || | |   |  |  |  |  |    ||| |   |||   |    |    ||| |  |  ||  |   |     |        |||   |         |||| ||||| || ||||||||| ||||||| || ||||| || || ||||| ||  ||||||| || |||||||||||||||||||||||  | ||||||||
----------------gtgagcagttctgcacgggccgtcg-ggtgtcag---tgtatggaccgcagggctcggcatgacgggctgctttgggctgtgcgccccttcgtcttcacacgt-tgctgacttctctctcccc-------tgttcttccctaccctcagGCTTCCAGGTCTGCCACTCTCTGGGTGGCGGCACCGGCTCCGGCATGGGCACCCTGCTGATCTCCAAGATCCGTGAGGAGTACCCCGACCGCATGATGCT

upper sequence: PP1S93_158V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 1
lower sequence: EDP03008 (Chlamydomonas reinhardtii), 3'ss of exon 3
gtatggctggattagggcgatttgttgataatcggtgat-tgcgaggtgagggttgtgtggatgctgtgagggtgaaaatagtttttcatggacgtggcgatacggaattgcgacaagcgtattgggtgtgcatgtgctgaggggttgtgagtgtggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAACATTGCTGATTTCGAAGATCCGTGAGGAGTACCCCGATAGGATGATGCT
                            | | | ||  |   || |  |  || |||  || ||  |  |  |      | |   |    ||  |  | |     |     || |      |  || ||   |  | ||      ||||   |    |    |||| ||||| || ||||||||| ||||||| || || || || || ||||| ||  ||||||| || |||||||||||||||||||||||  | ||||||||
---------------------------gtgagcagttttgcacgggccgccgggtgtcggggtgtgg--accgcagggcttggcatgacgggctgctgggtctgtgctcctcgtcgtcttcaacggttgctgactt-ctctcctcttgttgttcccttccctcagGCTTCCAGGTTTGCCACTCTCTGGGTGGTGGCACTGGCTCCGGCATGGGCACCCTGCTGATCTCCAAGATCCGTGAGGAGTACCCCGACCGCATGATGCT

upper sequence: PP1S93_158V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 1
lower sequence: EFJ35740 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 1
gtatggctggattagggcgatttgttgataatcggtgattgcgaggtgagggttgtgtggatgctgtgagggtgaaaatagtttttcatggacgtggcgatacggaattgcgacaagcgtattgggtgtgcatgtgctgaggggttgtgagtgtggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAACATTGCTGATTTCGAAGATCCGTGAGGAGTACCCCGATAGGATGATGCT
                                                                                                |  | | | |       ||  | |    |      |  |  |      || |   | | |||  ||||| ||||| || || |||||| | ||||||||||| |||||||| ||||||||  | || || || || ||| | ||||||||||| || |||||||||||
------------------------------------------------------------------------------------------------gtaaaatgaacgaaaaccacactttgaagcaaaaaagatttttttttttttttttttttgttgagcagGATTCCAGGTCTGTCACTCTCTTGGTGGAGGAACTGGGTCGGGCATGGGAACGCTTCTCATATCCAAAATCAGAGAGGAGTACCCGGACAGGATGATGCT

upper sequence: PP1S93_158V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 1
lower sequence: EFJ10691 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 1
gtatggctggattagggcgatttgttgataatcggtgattgcgaggtgagggttgtgtggatgctgtgagggtgaaaatagtttttcatggacgtggcgatacggaattgcgacaagcgtattgggtgtgcatgtgctgaggggttgtgagtgtggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAACATTGCTGATTTCGAAGATCCGTGAGGAGTACCCCGATAGGATGATGCT
                                                                                                |  | | | |   |  |    |   |||       |     |      || |   | | |||  ||||| ||||| || || |||||| | ||||||||||| |||||||| ||||||||  | || || || || ||| | ||||||||||| || |||||||||||
------------------------------------------------------------------------------------------------gtaaaatgaa--cgaaaaccacactttgaagcaaaaaagaattttttttttttttttttgttgagcagGATTCCAGGTCTGTCACTCTCTTGGTGGAGGAACTGGGTCGGGCATGGGAACGCTTCTCATATCCAAAATCAGAGAGGAGTACCCGGACAGGATGATGCT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100445531|gb|CJ975680.1|CJ975680
EST:     CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
EST: gi|100433216|gb|BY978852.1|BY978852
EST:     CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAGG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGGCGGGAATGGGAA
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
EST: gi|162161971|gb|FC338554.1|FC338554
EST:     CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
EST: gi|100391126|gb|BY953136.1|BY953136
EST:     CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
EST: gi|100387933|gb|BY970678.1|BY970678
EST:     CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGT
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGT
EST: gi|100421248|gb|BY976134.1|BY976134
EST:     CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
EST: gi|208380525|gb|DC914928.1|DC914928
EST:     CGTATTANATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
EST: gi|100448132|gb|CJ972431.1|CJ972431
EST:     CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
EST: gi|100377928|gb|BY949595.1|BY949595
EST:     CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
EST: gi|100450390|gb|CJ974239.1|CJ974239
EST:     GTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAAAGCTGCGACTGCTTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGA
genomic: GTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTT-GCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGA
EST: gi|100448933|gb|CJ973232.1|CJ973232
EST:     CGTATTANATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTT
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTT
EST: gi|100362269|gb|BY947275.1|BY947275
EST:     CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
EST: gi|67709364|gb|BJ965180.1|BJ965180
EST:     CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
EST: gi|100390422|gb|BY952830.1|BY952830
EST:     CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
EST: gi|162225192|gb|FC402232.1|FC402232
EST:     CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
EST: gi|100390238|gb|BY952646.1|BY952646
EST:     CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
EST: gi|162162609|gb|FC338911.1|FC338911
EST:     CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
EST: gi|100401005|gb|BY973052.1|BY973052
EST:     CGTACTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
EST: gi|162209457|gb|FC386090.1|FC386090
EST:     CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
EST: gi|208393045|gb|DC929540.1|DC929540
EST:     CGTATTANATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
EST: gi|100418154|gb|BY993360.1|BY993360
EST:     CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
EST: gi|162156965|gb|FC333119.1|FC333119
EST:     CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
EST: gi|18324970|gb|BJ156965.1|BJ156965
EST:     CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
EST: gi|100430873|gb|BY978440.1|BY978440
EST:     CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
EST: gi|208377880|gb|DC910926.1|DC910926
EST:     CGTATTANATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGANAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
EST: gi|100448777|gb|CJ973076.1|CJ973076
EST:     CGTATTANATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
EST: gi|208351147|gb|DC913526.1|DC913526
EST:     CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
EST: gi|100361062|gb|BY946895.1|BY946895
EST:     CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
EST: gi|100385811|gb|BY951005.1|BY951005
EST:     CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
EST: gi|67703144|gb|BJ963377.1|BJ963377
EST:     CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
EST: gi|100415800|gb|BY993009.1|BY993009
EST:     CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
EST: gi|208376341|gb|DC902694.1|DC902694
EST:     CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
EST: gi|67719816|gb|BJ970075.1|BJ970075
EST:     CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
EST: gi|100443872|gb|BY982100.1|BY982100
EST:     CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTTGGTGGAGNAACCGGGTCGGGGATGGGAA
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
EST: gi|100389636|gb|BY952442.1|BY952442
EST:     CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
EST: gi|162200048|gb|FC376510.1|FC376510
EST:     CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
EST: gi|100443986|gb|BY982214.1|BY982214
EST:     CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
EST: gi|67712837|gb|BJ966286.1|BJ966286
EST:     CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAG                         GTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA
genomic: CGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 29 (upstream exon), 34 (downstream exon)
Score: 15

AACAACTGGGCTAAGGGGCATTACACGGAGGGAGCTGAGCTGATTGATTCCGTATTAGATGTGGTGCGGAAGGAGGCTGAGAGCTGCGACTGCTTGCAAGgtatggctgg ... ggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAACATTGCTGATTTCGAAGATCCGTGAGGAGTACCCCGATAGGATGATGCT




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatggctggattagggcgatttgttgataatcggtgattgcgaggtgagggttgtgtggatgctgtgagggtgaaaatagtttttcatggacgtggcgatacggaattgcgacaagcgtattgggtgtgcatgtgctgaggggttgtgagtgtggttttgcagGTTTCCAAGTATGCCACTCTTTGGGTGGAGGAACCGGGTCGGGAATGGGAACATTGCTGATTTCGAAGATCCGTGAGGAGTACCCCGATAGGATGATGCT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG