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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTACCGCTTTCCACCATCACAAATTGGGCCAAAGAGTTTCGGAAATGGTTACCGGATATGAATGTAGTTGTTTATGTTGGCAACCGAGCTAGTCGGGAGgtgagtgtcctagacttgtagacttttccatcctaaacttggttttatcaaacatatcctggtcgcaaatttggttttattgttttggtcattatcttat...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S93_123V6.1
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S93_123V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 13
lower sequence: GRMZM2G141258_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 12
TGTACCGCTTTCCACCATCACAAATTGGGCCAAAGAGTTTCGGAAATGGTTACCGGATATGAATGTAGTTGTTTATGTTGGCAACCGAGCTAGTCGGGAGgtgagtgtcctagacttgtagacttttccatcctaaacttggttttatcaaacatatcctggtcgcaaatttggttttattgtt-ttggtcattatcttat
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CGTGCCACTGTCAACATTGTCGAACTGGGCAAAGGAATTTCGGAAGTGGCTGCCCAACATGAATGTTGTTGTTTATGTTGGCAACCGTGCCAGCAGAGAGgtatataaaatt-attaaatcagttctccatctgtttttcgtatgtgatatagctgccattgtcaaatgttggcaacaagaattatcgactaaaacagtat

upper sequence: PP1S93_123V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 13
lower sequence: EFJ28029 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 11
TGTACCGCTTTCCACCATCACAAATTGGGCCAAAGAGTTTCGGAAATGGTTACCGGATATGAATGTAGTTGTTTATGTTGGCAACCGAGCTAGTCGGGAGgtgagtgtcctagacttgtagacttttccatcctaaacttggttttatcaaacatatcctggtcgcaaatttggttttattgttttggtcattatcttat
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CGTACCTCTTTCCACAATCGCTAACTGGGCCAAAGAGTTTCGAAAATGGTTGCCCAACATGAATGTGCTGGTGTATGTTGGCAATGTGGCCAGTCGTGAGgtaagagttttctgttgatggatttta----gctaagtat--ttttatgtag------------------------------------------------