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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTCCGCAATGCATTGGACAAGCCATTCTACAATCCTAGTACTACCAAGACTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAGgtaattttcatgtcggtttgtgactgttattagtagtagtttgatgaacatatttgtacgcctgatcctaaactcataggaagcaaatggattttgaatt...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S92_76V6.3
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208380028|gb|DC914578.1|DC914578
EST:     CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAG                         GTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATNGCTGTGATTTGAACGAT
genomic: CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAGgtaattttca ... ctgtatgtagGTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
EST: gi|100445839|gb|CJ970138.1|CJ970138
EST:     CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAG                         GTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
genomic: CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAGgtaattttca ... ctgtatgtagGTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
EST: gi|100390301|gb|BY952709.1|BY952709
EST:     CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAG                         GTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
genomic: CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAGgtaattttca ... ctgtatgtagGTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
EST: gi|208360265|gb|DC943009.1|DC943009
EST:     CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAG                         GTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
genomic: CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAGgtaattttca ... ctgtatgtagGTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
EST: gi|67507727|gb|BJ940606.1|BJ940606
EST:     CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAG                         GTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
genomic: CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAGgtaattttca ... ctgtatgtagGTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
EST: gi|37827449|gb|BJ585461.1|BJ585461
EST:     CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAG                         GTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
genomic: CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAGgtaattttca ... ctgtatgtagGTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
EST: gi|37829825|gb|BJ587837.1|BJ587837
EST:     CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAG                         GTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
genomic: CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAGgtaattttca ... ctgtatgtagGTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
EST: gi|37834771|gb|BJ592783.1|BJ592783
EST:     GGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAG                         GTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
genomic: GGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAGgtaattttca ... ctgtatgtagGTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
EST: gi|208389789|gb|DC938337.1|DC938337
EST:     CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAG                         GTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
genomic: CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAGgtaattttca ... ctgtatgtagGTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
EST: gi|208386851|gb|DC941569.1|DC941569
EST:     CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAG                         GTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
genomic: CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAGgtaattttca ... ctgtatgtagGTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
EST: gi|208378179|gb|DC918800.1|DC918800
EST:     CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAG                         GTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
genomic: CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAGgtaattttca ... ctgtatgtagGTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
EST: gi|208366899|gb|DC951386.1|DC951386
EST:     CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAG                         GTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
genomic: CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAGgtaattttca ... ctgtatgtagGTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
EST: gi|208382625|gb|DC919807.1|DC919807
EST:     TCTTCTCAGGGTGTTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAG                         GTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
genomic: TCTTCTCAGGGTG-TTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAGgtaattttca ... ctgtatgtagGTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
EST: gi|208397034|gb|DC928877.1|DC928877
EST:     CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAG                         GTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
genomic: CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAGgtaattttca ... ctgtatgtagGTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
EST: gi|100399889|gb|BY990672.1|BY990672
EST:     CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAG                         GTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
genomic: CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAGgtaattttca ... ctgtatgtagGTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
EST: gi|208366745|gb|DC931402.1|DC931402
EST:     CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAG                         GTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
genomic: CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAGgtaattttca ... ctgtatgtagGTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
EST: gi|208390888|gb|DC945905.1|DC945905
EST:     CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAG                         GTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
genomic: CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAGgtaattttca ... ctgtatgtagGTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
EST: gi|208362326|gb|DC954572.1|DC954572
EST:     CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAG                         GTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
genomic: CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAGgtaattttca ... ctgtatgtagGTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
EST: gi|208371204|gb|DC955996.1|DC955996
EST:     CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAG                         GTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
genomic: CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAGgtaattttca ... ctgtatgtagGTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
EST: gi|208396867|gb|DC920435.1|DC920435
EST:     CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAG                         GTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT
genomic: CTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAGgtaattttca ... ctgtatgtagGTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 58

AGTCCGCAATGCATTGGACAAGCCATTCTACAATCCTAGTACTACCAAGACTCTTCTCAGGGTGTTGGGTGCCGTTGCGTTCTGCACTGGCTGTGTTCAGgtaattttca ... ctgtatgtagGTTGCTGTCTTAACATTAGGAATATGCGTGAATTGCTGTGATTTGAACGATTACTACGAAGACATTGAGATGACCCGATCAATGAACGCCAAGGAGGCCA




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