1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtacagtgcctttctatgccacgacttgactggtttgcacagaaaatggagttaacagcgggttgtcagggacctgacagtgtaaagtattttgagcgagctaatctgaaatatatatatacatatatatataaataattttaatgcagGTGGGACTCCTCAACGTGGACGGCTTCTATGACACACTGCTTACTTTTTTCGACAAGCAAATGGAGGAGGAGTTCTTTGACAGTTCATCTAGAAGCATCG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S91_195V6.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGCTCGTCGAGGTTATAACATGGAACCAGTTGGGCATTCACAGGAAGCCG GTGGGACTCCTCAACGTNGACGGCTTCTATGACACACTGCTTACTTTTTTNEST: gi|162280020|gb|FC456206.1|FC456206
genomic: AGCTCGTCGAGGTTATAACATGGAACCAGTTGGGCATTCACAGGAAGCCGgtacagtgcc ... tttaatgcagGTGGGACTCCTCAACGTGGACGGCTTCTATGACACACTGCTTACTTTTTTC
EST: AGCTCGTCGAGGTTATAACATGGAACCAGTTGGGCATTCACAGGAAGCCG GTGGGACTCCTCAACGTGGACGGCTTCTATGACACACTGCTTACTTTTTTC
genomic: AGCTCGTCGAGGTTATAACATGGAACCAGTTGGGCATTCACAGGAAGCCGgtacagtgcc ... tttaatgcagGTGGGACTCCTCAACGTGGACGGCTTCTATGACACACTGCTTACTTTTTTC
agcgagctaatctgaaatatatatatacatatatatataaataattttaatgcagGTGGGACTCCTCAACGTGGACGGCTTCTATGACACACTGCTTACTTTTTTCGACAAGCAAATGGAGGAGGAGTTCTTTGACAGTTCATCTAGAAGCATCG
ttttaat putative branch site (score: 1)
tgaaatatatatatac TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtacagtgcctttctatgccacgacttgactggtttgcacagaaaatggagttaacagcgggttgtcagggacctgacagtgtaaagtattttgagcgagctaatctgaaatatatatatacatatatatataaataattttaatgcagGTGGGACTCCTCAACGTGGACGGCTTCTATGACACACTGCTTACTTTTTTCGACAAGCAAATGGAGGAGGAGTTCTTTGACAGTTCATCTAGAAGCATCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC