Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcgtgttgttttagggacactggctcagtcctttgtcgttgccgagaagtttgattattcataataacaataattaatcacagtttttctctttctgtagGAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGTTTGCCATGAGACACGGCCGCAAAATTCACCGCCTCGGAAGGCCTGCCGA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S91_15V6.2
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162221170|gb|FC397811.1|FC397811
EST:     CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTG                         GAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
genomic: CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTGgtaagtctta ... ctttctgtagGAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
EST: gi|208363209|gb|DC931261.1|DC931261
EST:     CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTG                         GAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
genomic: CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTGgtaagtctta ... ctttctgtagGAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
EST: gi|162263291|gb|FC438566.1|FC438566
EST:     CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTG                         GAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
genomic: CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTGgtaagtctta ... ctttctgtagGAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
EST: gi|67694795|gb|BJ955028.1|BJ955028
EST:     CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTG                         GAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
genomic: CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTGgtaagtctta ... ctttctgtagGAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
EST: gi|162240957|gb|FC416588.1|FC416588
EST:     CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTG                         GAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
genomic: CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTGgtaagtctta ... ctttctgtagGAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
EST: gi|67572128|gb|BJ944952.1|BJ944952
EST:     CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTG                         GAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
genomic: CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTGgtaagtctta ... ctttctgtagGAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
EST: gi|162227947|gb|FC404580.1|FC404580
EST:     CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTG                         GAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
genomic: CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTGgtaagtctta ... ctttctgtagGAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
EST: gi|37840299|gb|BJ598307.1|BJ598307
EST:     CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTG                         GAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
genomic: CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTGgtaagtctta ... ctttctgtagGAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
EST: gi|18363085|gb|BJ195157.1|BJ195157
EST:     CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTG                         GAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
genomic: CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTGgtaagtctta ... ctttctgtagGAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
EST: gi|208385140|gb|DC923548.1|DC923548
EST:     CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTG                         GAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
genomic: CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTGgtaagtctta ... ctttctgtagGAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
EST: gi|67695495|gb|BJ955728.1|BJ955728
EST:     CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTG                         GAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
genomic: CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTGgtaagtctta ... ctttctgtagGAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
EST: gi|162240958|gb|FC416589.1|FC416589
EST:     CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTG                         GAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
genomic: CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTGgtaagtctta ... ctttctgtagGAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
EST: gi|162227946|gb|FC404579.1|FC404579
EST:     CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTG                         GAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
genomic: CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTGgtaagtctta ... ctttctgtagGAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
EST: gi|67575120|gb|BJ947944.1|BJ947944
EST:     CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTG                         GAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
genomic: CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTGgtaagtctta ... ctttctgtagGAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
EST: gi|67571460|gb|BJ944284.1|BJ944284
EST:     CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTG                         GAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
genomic: CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTGgtaagtctta ... ctttctgtagGAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 34 (downstream exon)
Score: 24

AGTGCTGCCGTGGTCGTGAAGCCGATCTCGGCTTCTAAAGCTGTTGTGTTCCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTGgtaagtctta ... ctttctgtagGAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGTTTGCCATGAGACACGGCCGCAAAATTCACCGCCTCGGAAGGCCTGCCGA




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gaagtttgattattcataataacaataattaatcacagtttttctctttctgtagGAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGTTTGCCATGAGACACGGCCGCAAAATTCACCGCCTCGGAAGGCCTGCCGA
                                      tttttctctttctgt  CT-rich tract
        attattcataataaca  TA-rich tract