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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAAGCTCTTAGTGGCGTTGATGTGATGGAATGCTTGTTGTGCTTTGTTTCTGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtctcatatccgtatacttgtctgaatttggccaccaccttgcatatgcaggcctcttgtgtatcgctagatttttcctctaagggacgtgttgcctttgatttttttgtacagaatcttgcgtttctcgtttgaagtacctcttgctcatgtgctttttgcgacgttccatattccag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S77_67V6.6
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100379454|gb|BY986645.1|BY986645
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCATCAGTAATTCTACTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|162152926|gb|FC329228.1|FC329228
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|208389722|gb|DC933624.1|DC933624
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|100386144|gb|BY970083.1|BY970083
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|67576818|gb|BJ949642.1|BJ949642
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGG                         T
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACA-Ggtgtgatgtc ... catattccag-
EST: gi|67576818|gb|BJ949642.1|BJ949642
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGG                         T
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACA-Ggtgtgatgtc ... catattccag-
EST: gi|18327599|gb|BJ159602.1|BJ159602
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|100425505|gb|BY958629.1|BY958629
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|18346422|gb|BJ178465.1|BJ178465
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|162208267|gb|FC384371.1|FC384371
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genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|162210263|gb|FC386735.1|FC386735
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|208351671|gb|DC905778.1|DC905778
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|18348189|gb|BJ180236.1|BJ180236
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|100429290|gb|BY978036.1|BY978036
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|67570902|gb|BJ943726.1|BJ943726
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|162170772|gb|FC347386.1|FC347386
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|67572807|gb|BJ945631.1|BJ945631
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|18331833|gb|BJ163845.1|BJ163845
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|162219804|gb|FC396216.1|FC396216
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|18329046|gb|BJ161052.1|BJ161052
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|100429105|gb|BY977942.1|BY977942
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|67569405|gb|BJ942229.1|BJ942229
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 33 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 3

CAAGCTCTTAGTGGCGTTGATGTGATGGAATGCTTGTTGTGCTTTGTTTCTGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCACAAAGTTGATAGAAGCGACCTCCTTAACTTGGTCGGCTGCATCTACCTCA




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