Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGATAGAGTGCGAACCTTGGTGCGGCGGAGCTTCCTTACAGATGCTACTTCAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCTgtgagtacctcacaccttaacgtaacaagaccggcttgccattccttgagctcatattcctatcgatgtccttcaggtcttctgcttatcaacactcagg...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S62_126V6.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100443561|gb|BY981988.1|BY981988
EST:     CAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCT                         GGAGGGTGCGATGGCTCCATCATGATGGAAGGCGATGGCGGGGAAATGGAC
genomic: CAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCTgtgagtacct ... ctttgtgcagGGAGGGTGCGATGGCTCCATCATGATGGAAGGCGATGGCGGGGAAATGGAC
EST: gi|208355726|gb|DC929963.1|DC929963
EST:     CAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCT                         GGAGGGTGCGATGGCTCCATCATGATGNAAGGCNATGGCGGGGAAATGGAC
genomic: CAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCTgtgagtacct ... ctttgtgcagGGAGGGTGCGATGGCTCCATCATGATGGAAGGCGATGGCGGGGAAATGGAC
EST: gi|208391655|gb|DC937915.1|DC937915
EST:     CAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCT                         GGAGGGTGCGATGGCTCCATCATGATGGAAGGCGATGGCGGGGAAATGGAC
genomic: CAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCTgtgagtacct ... ctttgtgcagGGAGGGTGCGATGGCTCCATCATGATGGAAGGCGATGGCGGGGAAATGGAC
EST: gi|100403159|gb|BY991064.1|BY991064
EST:     CAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCT                         GGAGGGTGCGATGGCTCCATCATGATGGAAGGCGATGGCGGGGAAATGGAC
genomic: CAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCTgtgagtacct ... ctttgtgcagGGAGGGTGCGATGGCTCCATCATGATGGAAGGCGATGGCGGGGAAATGGAC
EST: gi|67716352|gb|BJ966612.1|BJ966612
EST:     CAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCT                         GGAGGGTGCGATGGCTCCATCATGATGGAAGGCGATGGCGGGGAAATGGAC
genomic: CAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCTgtgagtacct ... ctttgtgcagGGAGGGTGCGATGGCTCCATCATGATGGAAGGCGATGGCGGGGAAATGGAC
EST: gi|18355228|gb|BJ187287.1|BJ187287
EST:     CAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCT                         GGAGGGTGCGATGGCTCCATCATGATGGAAGGCGATGGCGGGGAAATGGAC
genomic: CAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCTgtgagtacct ... ctttgtgcagGGAGGGTGCGATGGCTCCATCATGATGGAAGGCGATGGCGGGGAAATGGAC
EST: gi|100422696|gb|BY957955.1|BY957955
EST:     CAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCT                         GGAGGGTGCGATGGCTCCATCATGATGGAAGGCGATGGCGGGGAAATGGAC
genomic: CAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCTgtgagtacct ... ctttgtgcagGGAGGGTGCGATGGCTCCATCATGATGGAAGGCGATGGCGGGGAAATGGAC
EST: gi|100445395|gb|BY983024.1|BY983024
EST:     CAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCT                         GGAGGGTGCGATGGCTCCATCATGATGGAAGGCGATGGCGGGGAAATGGAC
genomic: CAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCTgtgagtacct ... ctttgtgcagGGAGGGTGCGATGGCTCCATCATGATGGAAGGCGATGGCGGGGAAATGGAC
EST: gi|208379824|gb|DC911709.1|DC911709
EST:     CAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCNGACCT                         GGAGGNTGCGATGGCTCCATCATGATGGAANGCGATGGCGGGGAAATGGAC
genomic: CAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCTgtgagtacct ... ctttgtgcagGGAGGGTGCGATGGCTCCATCATGATGGAAGGCGATGGCGGGGAAATGGAC
EST: gi|67716715|gb|BJ966975.1|BJ966975
EST:     CAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCT                         GGAGGGTGCGATGGCTCCATCATGATGGAAGGCGATGGCGGGNAAAT
genomic: CAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCTgtgagtacct ... ctttgtgcagGGAGGGTGCGATGGCTCCATCATGATGGAAGGCGATGGCGGGGAAAT
EST: gi|67712643|gb|BJ966092.1|BJ966092
EST:     CAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCT                         GGAGGGTGCGATGGCTCCATCATGATGGAAGGCGATGGCGGGGAAATGGAC
genomic: CAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCTgtgagtacct ... ctttgtgcagGGAGGGTGCGATGGCTCCATCATGATGGAAGGCGATGGCGGGGAAATGGAC
EST: gi|100442993|gb|BY963488.1|BY963488
EST:     CAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCT                         GGAGGGTGCGATGGCTCCATCATGATGGAAGGCGATGGCGGGGAAATGGAC
genomic: CAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCTgtgagtacct ... ctttgtgcagGGAGGGTGCGATGGCTCCATCATGATGGAAGGCGATGGCGGGGAAATGGAC
EST: gi|208345489|gb|DC913036.1|DC913036
EST:     CAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCT                         GGAGGGTGCGATGGCTCCATCATGATGGAAGGCGATGGCGGGGAAATGGAC
genomic: CAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCTgtgagtacct ... ctttgtgcagGGAGGGTGCGATGGCTCCATCATGATGGAAGGCGATGGCGGGGAAATGGAC
EST: gi|100425604|gb|BY958679.1|BY958679
EST:     CAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCT                         GGAGGGTGCGATGGCTCCATCATGATGGAAGGCGATGGCGGGGAAATGGAC
genomic: CAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCTgtgagtacct ... ctttgtgcagGGAGGGTGCGATGGCTCCATCATGATGGAAGGCGATGGCGGGGAAATGGAC
EST: gi|208344732|gb|DC905181.1|DC905181
EST:     CAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCT                         GGAGGGTGTGATGGCTCCATCATGATGGAAGGCGATGGCGGGGAAATGGAC
genomic: CAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCTgtgagtacct ... ctttgtgcagGGAGGGTGCGATGGCTCCATCATGATGGAAGGCGATGGCGGGGAAATGGAC
EST: gi|208399317|gb|DC912490.1|DC912490
EST:     CAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCT                         GGAGGGTGCGATGGCTCCATCATGATGGAAGGCGATGGCGGGGAAATGGAC
genomic: CAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCTgtgagtacct ... ctttgtgcagGGAGGGTGCGATGGCTCCATCATGATGGAAGGCGATGGCGGGGAAATGGAC
EST: gi|67704438|gb|BJ964671.1|BJ964671
EST:     CAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCT                         GGAGGGTGCGATGGCTCCATCATGATGGAAGGCGATGGCGGGGAAATGGAC
genomic: CAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCTgtgagtacct ... ctttgtgcagGGAGGGTGCGATGGCTCCATCATGATGGAAGGCGATGGCGGGGAAATGGAC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 16 (upstream exon), 32 (downstream exon)
Score: 3

GGATAGAGTGCGAACCTTGGTGCGGCGGAGCTTCCTTACAGATGCTACTTCAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCTgtgagtacct ... ctttgtgcagGGAGGGTGCGATGGCTCCATCATGATGGAAGGCGATGGCGGGGAAATGGACGCTGGCAGTAACTTTGGAGTCAAGCGCCTGGATATCATCAACTCCGTCA




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGATAGAGTGCGAACCTTGGTGCGGCGGAGCTTCCTTACAGATGCTACTTCAAGTGCTGCAATGCTCCGCCTTGCTTTTCATGACTGTCAAGTCGGACCTgtgagtacctcacaccttaacgtaacaagaccggcttgccattccttgagctcatattcctatcgatgtccttcaggtcttctgcttatcaacactcagg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC