Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtgttccaaatttttgtagactgaacatgaaaaccattattaatctttcctcgaacgtgcctcaatctgagccgttttgctagtttacgtacgctcattcttagatgtgtattttttttattttttgtagATATGTGAAGTATGTCGCCAGCTGGTATGGTCTATCGCCAAGCAATGGTGGCATGCGTGGTGTTGACCATGGCTATGAGGCTTCTGAATATGGTTGGCGT

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S62_115V6.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37822686|gb|BJ580752.1|BJ580752
EST:     GGGGGATGGATGGTCGGAGGGCCTAGTGCTGGCTTCTGCCACGATGAAGC                         ATATGTGAAGTATGTCGCCAGCTGGTATGGTCTATCGCCAAGCAATGGTGG
genomic: GGGGGATGGATGGTCGGAGGGCCTAGTGCTGGCTTCTGCCACGATGAAGCgtaagtgttc ... ttttttgtagATATGTGAAGTATGTCGCCAGCTGGTATGGTCTATCGCCAAGCAATGGTGG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttgctagtttacgtacgctcattcttagatgtgtattttttttattttttgtagATATGTGAAGTATGTCGCCAGCTGGTATGGTCTATCGCCAAGCAATGGTGGCATGCGTGGTGTTGACCATGGCTATGAGGCTTCTGAATATGGTTGGCGT
                                  tattttttttattttt  CT-rich tract
                     attcttagatgtgtat  TA-rich tract