Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgagttctggatgttgactcatgtgattgtttgcttcattctcttgaattgatggttgttgtgtggaaatcttgagtattctattgtgccgatcgtgcagGTTGGGTGAGAAGCCTTCGACGTTATCGAAAATGGACGTGGCAGCTTCGGTAGCTGGTCAGACCCAGTTCACGGTTGACTTGTACAAAACCTTGGTTAAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S61_265V6.3
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18349588|gb|BJ181638.1|BJ181638
EST:     TCGAGGTGGTTTTTGTTGGAGTGCTTCGCGTATCTGTAAATTTTGTTAAG                         GTTGGGTGAGAAGCCTTCGACGTTATCGAAAATGGACGTGGCAGCTTCGGT
genomic: TCGAGGTGGTTTTTGTTGGAGTGCTTCGCGTATCTGTAAATTTTGTTAAGgtccgtctgt ... gatcgtgcagGTTGGGTGAGAAGCCTTCGACGTTATCGAAAATGGACGTGGCAGCTTCGGT
EST: gi|18371868|gb|BJ203470.1|BJ203470
EST:     TCGAGGTGGTTTTTGTTGGAGTGCTTCGCGTATCTGTAAATTTTGTTAAG                         GTTGGGTGAGAAGCCTTCGACGTTATCGAAAATGGACGTGGCAGCTTCGGT
genomic: TCGAGGTGGTTTTTGTTGGAGTGCTTCGCGTATCTGTAAATTTTGTTAAGgtccgtctgt ... gatcgtgcagGTTGGGTGAGAAGCCTTCGACGTTATCGAAAATGGACGTGGCAGCTTCGGT
EST: gi|18329720|gb|BJ161726.1|BJ161726
EST:     GTGGTTTTTGTTGGAGTGCTTCGCGTATCTGTAAATTTTGTTAAG                         GTTGGGTGAGAAGCCTTCGACGTTATCGAAAATGGACGTGGCAGCTTCGGT
genomic: GTGGTTTTTGTTGGAGTGCTTCGCGTATCTGTAAATTTTGTTAAGgtccgtctgt ... gatcgtgcagGTTGGGTGAGAAGCCTTCGACGTTATCGAAAATGGACGTGGCAGCTTCGGT
EST: gi|162193124|gb|FC371990.1|FC371990
EST:     TCGAGGTGGTTTTTGTTGGAGTGCTTCGCGTATCTGTAAATTTTGTTAAG                         GTTGGGTGAGAAGCCTTCGACGTTATCGAAAATGGACGTGGCAGCTTCGGT
genomic: TCGAGGTGGTTTTTGTTGGAGTGCTTCGCGTATCTGTAAATTTTGTTAAGgtccgtctgt ... gatcgtgcagGTTGGGTGAGAAGCCTTCGACGTTATCGAAAATGGACGTGGCAGCTTCGGT
EST: gi|18331537|gb|BJ163548.1|BJ163548
EST:     TCGAGGTGGTTTTTGTTGGAGTGCTTCGCGTATCTGTAAATTTTGTTAAG                         GTTGGGTGAGAAGCCTTCGACGTTATCGAAAATGGACGTGGCAGCTTCGGT
genomic: TCGAGGTGGTTTTTGTTGGAGTGCTTCGCGTATCTGTAAATTTTGTTAAGgtccgtctgt ... gatcgtgcagGTTGGGTGAGAAGCCTTCGACGTTATCGAAAATGGACGTGGCAGCTTCGGT
EST: gi|100371412|gb|BY967968.1|BY967968
EST:     TCGAGGTGGTTTTTGTTGGAGTGCTTCGCGTATCTGTAAATTTTGTTAAG                         GTTGGGTGAGAAGCCTTCGACGTTATCGAAAATGGACGTGGCAGCTTCGGT
genomic: TCGAGGTGGTTTTTGTTGGAGTGCTTCGCGTATCTGTAAATTTTGTTAAGgtccgtctgt ... gatcgtgcagGTTGGGTGAGAAGCCTTCGACGTTATCGAAAATGGACGTGGCAGCTTCGGT
EST: gi|100365013|gb|BY966767.1|BY966767
EST:     TCGAGGTGGTTTTTGTTGGAGTGCTTCGCGTATCTGTAAATTTTGTTAAG                         GTTGGGTGAGAAGCCTTCGACGTTATCGAAAATGGACGTGGCAGCTTCGGT
genomic: TCGAGGTGGTTTTTGTTGGAGTGCTTCGCGTATCTGTAAATTTTGTTAAGgtccgtctgt ... gatcgtgcagGTTGGGTGAGAAGCCTTCGACGTTATCGAAAATGGACGTGGCAGCTTCGGT
EST: gi|100442013|gb|BY981236.1|BY981236
EST:     TCGAGGTGGTTTTTGTTGGAGTGCTTCGCGTATCTGTAAATTTTGTTAAG                         GTTGGGTGAGAAGCCTTCGACGTTATCGAAAATGGACGTGGCAGCTTCGGT
genomic: TCGAGGTGGTTTTTGTTGGAGTGCTTCGCGTATCTGTAAATTTTGTTAAGgtccgtctgt ... gatcgtgcagGTTGGGTGAGAAGCCTTCGACGTTATCGAAAATGGACGTGGCAGCTTCGGT
EST: gi|18360126|gb|BJ192188.1|BJ192188
EST:     GTTGGAGTGCTTCGCGTATCTGTAAATTTTGTTAAAC                         GTTGGGTGAGAAGCCTTCGACGTTATCGAAAATGGACGTGGCAGCTTCGG
genomic: GTTGGAGTGCTTCGCGTATCTGTAAATTTTGTT-AAGgtccgtctgt ... gatcgtgcagGTTGGGTGAGAAGCCTTCGACGTTATCGAAAATGGACGTGGCAGCTTCGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gaattgatggttgttgtgtggaaatcttgagtattctattgtgccgatcgtgcagGTTGGGTGAGAAGCCTTCGACGTTATCGAAAATGGACGTGGCAGCTTCGGTAGCTGGTCAGACCCAGTTCACGGTTGACTTGTACAAAACCTTGGTTAAG
 aattgat  putative branch site (score: 4)
                               tattctatt  TA-rich tract