Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagttaactttgcttttaaatcttctctttatatttgtcttatgcttgtcgtacgtgtatgtgtgtgtgatactacttgacgtgcttgataagtctgtagctgatatattctggtgttggcagACGTGTTAATATGGCTTATGGGTATAATCTTCGTGTTAGCTGGCTATCCTGGTTCTTACTTCTTGTGGTATAGGCCACTTTATCGTGCGATGAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S50_114V6.2
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67695428|gb|BJ955661.1|BJ955661
EST:     ATTGTGGAACTTCATCTGCACAACAGTAGCTTGGATTGCTGGACCTGGTG                         ACGTGTTAATATGGCTTATGGGTATAATCTTCGTGTTAGCTGGCTATCCTG
genomic: ATTGTGGAACTTCATCTGCACAACAGTAGCTTGGATTGCTGGACCTGGTGgtgagttaac ... gtgttggcagACGTGTTAATATGGCTTATGGGTATAATCTTCGTGTTAGCTGGCTATCCTG
EST: gi|208380999|gb|DC919881.1|DC919881
EST:     ATTGTGGAACTTCATCTGCACAACAGTAGCTTGGATTGCTGGACCTGGTG                         ACGTGTTAATATGGCTTATGGGTATAATCTTCGTGTTAGCTGGCTATCCTG
genomic: ATTGTGGAACTTCATCTGCACAACAGTAGCTTGGATTGCTGGACCTGGTGgtgagttaac ... gtgttggcagACGTGTTAATATGGCTTATGGGTATAATCTTCGTGTTAGCTGGCTATCCTG
EST: gi|208375107|gb|DC944846.1|DC944846
EST:     ATTGTGGAACTTCATCTGCACAACAGTAGCTTGGATTGCTGGACCTGGTG                         ACGTGTTAATATGGCTTATGGGTATAATCTTCGTGTTAGCTGGCTATCCTG
genomic: ATTGTGGAACTTCATCTGCACAACAGTAGCTTGGATTGCTGGACCTGGTGgtgagttaac ... gtgttggcagACGTGTTAATATGGCTTATGGGTATAATCTTCGTGTTAGCTGGCTATCCTG
EST: gi|162258284|gb|FC434683.1|FC434683
EST:     ATTGTGGAACTTCATCTGCACAACAGTAGCTTGGATTGCTGGACCTGGTG                         ACGTGTTAATATGGCTTATGGGTATAATCTTCGTGTTAGCTGGCTATCCTG
genomic: ATTGTGGAACTTCATCTGCACAACAGTAGCTTGGATTGCTGGACCTGGTGgtgagttaac ... gtgttggcagACGTGTTAATATGGCTTATGGGTATAATCTTCGTGTTAGCTGGCTATCCTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gatactacttgacgtgcttgataagtctgtagctgatatattctggtgttggcagACGTGTTAATATGGCTTATGGGTATAATCTTCGTGTTAGCTGGCTATCCTGGTTCTTACTTCTTGTGGTATAGGCCACTTTATCGTGCGATGAG
                              agctgat  putative branch site (score: 4)
                                 tgatatatt  TA-rich tract