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 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCGACGCATGCGTGTGGCTTTCACATGTAACGTATGTGGCCACCGCTCGATTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAGgtgatcttattacctcttctttttttctttctccccccccccccctcttttttttttttttttttttttttttttttttaatgttttttgtatgatgaat...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S41_313V6.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S41_313V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 3
lower sequence: GRMZM2G152056_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
GCGACGCATGCGTGTGGCTTTCACATGTAACGTATGTGGCCACCGCTCGATTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAGgtg------atcttattacctcttctttttttctttctccccccccccccctcttttttttttttttttttttttttttttttttaa-tgttttttgtatgatgaat
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GCGGCGCATGCGGGTGGCCTTCACCTGCAACGTGTGCGGGCAGCGTACGACCAGGGCCATCAATCCTCATGCCTACACTGATGGAACTGTGTTTGTTCAGgtatggactatgtgattagtgtatccaatgcgttaataagagtcaagttaagctgatacttgccctgcctttagttatgcgtattgactgctgcttctgt-------

upper sequence: PP1S41_313V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA10G43010.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
GCGACGCATGCGTGTGGCTTTCACATGTAACGTATGTGGCCACCGCTCGATTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAGgtgatcttattacctcttctttttttctttctccccccccccccctcttttttttttttttttttttttttttttttttaatgttttttgtatgatgaat---
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GAGAAGGATGCTGGTGGCTTTCACCTGTACCATCTGTGGCCAGCGAACCACACGGGCTATTAATCCCCATGCTTACACTGATGGCACTGTTTTTGTGCAGgtaactttttg---ttttttgttaatcttaacccctgccttatcacatttctcaattatttttttggattgaatttggaaccaaatcctaaactaatagtcca

upper sequence: PP1S41_313V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 3
lower sequence: GLYMA20G23970.1 (Glycine max), 5'ss of exon 3
GCGACGCATGCGTGTGGCTTTCACATGTAACGTATGTGGCCACCGCTCGATTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAGgtgatcttattacctcttctttttttctttctccccccccccccctcttttttttttttttttttttttttttttttttaatgttttttgtatgatgaat
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GAGAAGGATGCTGGTGGCTTTTACTTGTACCATCTGTGGCCAGCGAACTACAAGGGCTATTAATCCCCATGCTTACACTGATGGCACTGTTTTTGTGCAGgtaactttttttttttgttaatcttaacctccgccatatcacgtgtctcaataattttcttgggctgaatttggaaaccaatcctaaacttgtagtacgc

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162242370|gb|FC416126.1|FC416126
EST:     TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAG                         TGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
genomic: TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAGgtgatcttat ... gatgttgcagTGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
EST: gi|162255371|gb|FC432097.1|FC432097
EST:     TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAG                         TGCGAAGGGTGCGATGTATTTCAC
genomic: TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAGgtgatcttat ... gatgttgcagTGCGAAGGGTGCGATGTATTTCAC
EST: gi|162268052|gb|FC443522.1|FC443522
EST:     TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAG                         TGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
genomic: TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAGgtgatcttat ... gatgttgcagTGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
EST: gi|162278868|gb|FC454919.1|FC454919
EST:     TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAG                         TGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
genomic: TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAGgtgatcttat ... gatgttgcagTGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
EST: gi|100394920|gb|BY989991.1|BY989991
EST:     TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAG                         TGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAA
genomic: TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAGgtgatcttat ... gatgttgcagTGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAA
EST: gi|162219476|gb|FC396954.1|FC396954
EST:     TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAG                         TGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
genomic: TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAGgtgatcttat ... gatgttgcagTGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
EST: gi|162225322|gb|FC400840.1|FC400840
EST:     TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAG                         TGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
genomic: TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAGgtgatcttat ... gatgttgcagTGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
EST: gi|162230598|gb|FC407461.1|FC407461
EST:     TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAG                         TGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
genomic: TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAGgtgatcttat ... gatgttgcagTGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
EST: gi|67701019|gb|BJ961252.1|BJ961252
EST:     TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAG                         TGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
genomic: TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAGgtgatcttat ... gatgttgcagTGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
EST: gi|208395960|gb|DC915720.1|DC915720
EST:     TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAG                         TGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
genomic: TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAGgtgatcttat ... gatgttgcagTGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
EST: gi|162236522|gb|FC413097.1|FC413097
EST:     TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAG                         TGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
genomic: TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAGgtgatcttat ... gatgttgcagTGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
EST: gi|15728544|gb|BI740842.1|BI740842
EST:     TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAG                         TGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
genomic: TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAGgtgatcttat ... gatgttgcagTGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
EST: gi|67698881|gb|BJ959114.1|BJ959114
EST:     TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAG                         TGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
genomic: TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAGgtgatcttat ... gatgttgcagTGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
EST: gi|67573226|gb|BJ946050.1|BJ946050
EST:     TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAG                         TGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
genomic: TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAGgtgatcttat ... gatgttgcagTGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
EST: gi|162236523|gb|FC413098.1|FC413098
EST:     TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAG                         TGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
genomic: TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAGgtgatcttat ... gatgttgcagTGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
EST: gi|67696780|gb|BJ957013.1|BJ957013
EST:     TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAG                         TGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
genomic: TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAGgtgatcttat ... gatgttgcagTGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
EST: gi|37847994|gb|BJ606002.1|BJ606002
EST:     TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAG                         TGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
genomic: TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAGgtgatcttat ... gatgttgcagTGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
EST: gi|18338317|gb|BJ170341.1|BJ170341
EST:     TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAG                         TGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
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EST: gi|162228314|gb|FC404068.1|FC404068
EST:     TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAG                         TGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
genomic: TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAGgtgatcttat ... gatgttgcagTGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
EST: gi|37824838|gb|BJ582904.1|BJ582904
EST:     TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAG                         TGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
genomic: TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAGgtgatcttat ... gatgttgcagTGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
EST: gi|208360491|gb|DC950065.1|DC950065
EST:     TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAG                         TGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
genomic: TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAGgtgatcttat ... gatgttgcagTGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
EST: gi|162278869|gb|FC454920.1|FC454920
EST:     TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAG                         TGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
genomic: TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAGgtgatcttat ... gatgttgcagTGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
EST: gi|162255370|gb|FC432096.1|FC432096
EST:     TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAG                         TGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
genomic: TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAGgtgatcttat ... gatgttgcagTGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
EST: gi|162228315|gb|FC404069.1|FC404069
EST:     TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAG                         TGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
genomic: TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAGgtgatcttat ... gatgttgcagTGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
EST: gi|162242371|gb|FC416127.1|FC416127
EST:     TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAG                         TGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
genomic: TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAGgtgatcttat ... gatgttgcagTGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
EST: gi|67696610|gb|BJ956843.1|BJ956843
EST:     TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAG                         TGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
genomic: TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAGgtgatcttat ... gatgttgcagTGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
EST: gi|162230599|gb|FC407462.1|FC407462
EST:     TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAG                         TGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
genomic: TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAGgtgatcttat ... gatgttgcagTGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
EST: gi|67575414|gb|BJ948238.1|BJ948238
EST:     TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAG                         TGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
genomic: TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAGgtgatcttat ... gatgttgcagTGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
EST: gi|208388333|gb|DC945609.1|DC945609
EST:     TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAG                         TGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
genomic: TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAGgtgatcttat ... gatgttgcagTGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
EST: gi|37827288|gb|BJ585300.1|BJ585300
EST:     TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAG                         TGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
genomic: TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAGgtgatcttat ... gatgttgcagTGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTT
EST: gi|162219477|gb|FC396955.1|FC396955
EST:     TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAG                         TGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATT
genomic: TTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAGgtgatcttat ... gatgttgcagTGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 34 (upstream exon), 31 (downstream exon)
Score: 21

GCGACGCATGCGTGTGGCTTTCACATGTAACGTATGTGGCCACCGCTCGATTCGAGCTATTAATCCTCATGCCTACACTGATGGCACAGTCTTTGTACAGgtgatcttat ... gatgttgcagTGCGAAGGGTGCGATGTATTTCACAAATTAGTCGATAACTTGAAGCTGTTTCACGAACTCAAGGGTCGTATCTACAAGGGTTATGAATGTTTTGAAGTAG




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