Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGCGTGCTGTAGAAGTGGATTGCACTAGACGTCTAGGGATCAGTGAAACCCTTCTTCGGAAATGGATACTCTCTATGGCAGCCTTTCTCCGAAACCAGgtacttaaatatgacctttccaattcctgagttatctacattcactgttcttgatatcctggtgctcgggcatgcttaacttgtggattctgcccacgat...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S39_126V6.1
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67695482|gb|BJ955715.1|BJ955715
EST:     CCCTTCTTCGGAAATGGATACTCTCTATGGCAGCCTTTCTCCGAAACCAG                         AATGGAGCAATGTTGGAGGCTATTCAAATGTGGAAGAAGAATGTTGACCGT
genomic: CCCTTCTTCGGAAATGGATACTCTCTATGGCAGCCTTTCTCCGAAACCAGgtacttaaat ... cgcatgacagAATGGAGCAATGTTGGAGGCTATTCAAATGTGGAAGAAGAATGTTGACCGT
EST: gi|162171237|gb|FC347201.1|FC347201
EST:     CCCTTCTTCGGAAATGGATACTCTCTATGGCAGCCTTTCTCCGAAACCAG                         AATGGAGCAATGTTGGAGGCTATTCAAATGTGGAAGAAGAATGTTGACCGT
genomic: CCCTTCTTCGGAAATGGATACTCTCTATGGCAGCCTTTCTCCGAAACCAGgtacttaaat ... cgcatgacagAATGGAGCAATGTTGGAGGCTATTCAAATGTGGAAGAAGAATGTTGACCGT
EST: gi|162174001|gb|FC350516.1|FC350516
EST:     CCCTTCTTCGGAAATGGATACTCTCTATGGCAGCCTTTCTCCGAAACCAG                         AATGGAGCAATGTTGGAGGCTATTCAAATGTGGAAGAAGAATGTTGACCGT
genomic: CCCTTCTTCGGAAATGGATACTCTCTATGGCAGCCTTTCTCCGAAACCAGgtacttaaat ... cgcatgacagAATGGAGCAATGTTGGAGGCTATTCAAATGTGGAAGAAGAATGTTGACCGT