1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtaatggccaacttaccttttactggcatagttgagagtaactgaactttggtcagatcgctgatgaaacatgccacacgctctagcaactgaagcccacgcggctttgtgaattacggttttcagGAGGAGATTTGGGTTTCCGGACCAGATTACTGGGCTGCTGCAGCTGATCCATTGAGGGAGGTTGCTAAGCGCATTGTGGAAGACATGAATAGGAATCATT
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S207_101V6.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TATATGTTATGAATGTTGAGCAAGTACTACAATCTCCGGACATGGGTGAG GAGGAGATTTGGGTTTCCGGACCAGATTACTGGGCTGCTGCAGCTGATCCAEST: gi|162164253|gb|FC342068.1|FC342068
genomic: TATATGTTATGAATGTTGAGCAAGTACTACAATCTCCGGACATGGGTGAGgtaatggcca ... cggttttcagGAGGAGATTTGGGTTTCCGGACCAGATTACTGGGCTGCTGCAGCTGATCCA
EST: TATATGTTATGAATGTTGAGCAAGTACTACAATCTCCGGACATGGGTGAG GAGGAGATTTGGGTTTCCGGACCAGATTACTGGGCTGCTGCAGCTGATCCAEST: gi|37827260|gb|BJ585272.1|BJ585272
genomic: TATATGTTATGAATGTTGAGCAAGTACTACAATCTCCGGACATGGGTGAGgtaatggcca ... cggttttcagGAGGAGATTTGGGTTTCCGGACCAGATTACTGGGCTGCTGCAGCTGATCCA
EST: TATATGTTATGAATGTTGAGCAAGTACTACAATCTCCGGACATGGGTGAG GAGGAGATTTGGGTTTCCGGACCAGATTACTGGGCTGCTGCAGCTGATCCAEST: gi|162157800|gb|FC334071.1|FC334071
genomic: TATATGTTATGAATGTTGAGCAAGTACTACAATCTCCGGACATGGGTGAGgtaatggcca ... cggttttcagGAGGAGATTTGGGTTTCCGGACCAGATTACTGGGCTGCTGCAGCTGATCCA
EST: TATATGTTATGAATGTTGAGCAAGTACTACAATCTCCGGACATGGGTGAG GAGGAGATTTGGGTTTCCGGACCAGATTACTGGGCTGCTGCAGCTGATCCAEST: gi|162167944|gb|FC344882.1|FC344882
genomic: TATATGTTATGAATGTTGAGCAAGTACTACAATCTCCGGACATGGGTGAGgtaatggcca ... cggttttcagGAGGAGATTTGGGTTTCCGGACCAGATTACTGGGCTGCTGCAGCTGATCCA
EST: TATATGTTATGAATGTTGAGCAAGTACTACAATCTCCGGACATGGGTGAG GAGGAGATTTGGGTTTCCGGACCAGATTACTGGGCTGCTGCAGCTGATCCAEST: gi|37835677|gb|BJ593689.1|BJ593689
genomic: TATATGTTATGAATGTTGAGCAAGTACTACAATCTCCGGACATGGGTGAGgtaatggcca ... cggttttcagGAGGAGATTTGGGTTTCCGGACCAGATTACTGGGCTGCTGCAGCTGATCCA
EST: TATATGTTATGAATGTTGAGCAAGTACTACAATCTCCGGACATGGGTGAG GAGGAGATTTGGGTTTCCGGACCAGATTACTGGGCTGCTGCAGCTGATCCAEST: gi|67695975|gb|BJ956208.1|BJ956208
genomic: TATATGTTATGAATGTTGAGCAAGTACTACAATCTCCGGACATGGGTGAGgtaatggcca ... cggttttcagGAGGAGATTTGGGTTTCCGGACCAGATTACTGGGCTGCTGCAGCTGATCCA
EST: TATATGTTATGAATGTTGAGCAAGTACTACAATCTCCGGACATGGGTGAG GAGGAGATTTGGGTTTCCGGACCAGATTACTGGGCTGCTGCAGCTGATCCAEST: gi|162226413|gb|FC402406.1|FC402406
genomic: TATATGTTATGAATGTTGAGCAAGTACTACAATCTCCGGACATGGGTGAGgtaatggcca ... cggttttcagGAGGAGATTTGGGTTTCCGGACCAGATTACTGGGCTGCTGCAGCTGATCCA
EST: TATATGTTATGAATGTTGAGCAAGTACTACAATCTCCGGACATGGGTGAG GAGGAGATTTGGGTTTCCGGACCAGATTACTGGGCTGCTGCAGCTGATCCAEST: gi|208396881|gb|DC924381.1|DC924381
genomic: TATATGTTATGAATGTTGAGCAAGTACTACAATCTCCGGACATGGGTGAGgtaatggcca ... cggttttcagGAGGAGATTTGGGTTTCCGGACCAGATTACTGGGCTGCTGCAGCTGATCCA
EST: TATATGTTATGAATGTTGAGCAAGTACTACAATCTCCGGACATGGGTGAG GAGGAGATTTGGGTTTCCGGACCAGATTACTGGGCTGCTGCAGCTGATCCAEST: gi|18335447|gb|BJ167467.1|BJ167467
genomic: TATATGTTATGAATGTTGAGCAAGTACTACAATCTCCGGACATGGGTGAGgtaatggcca ... cggttttcagGAGGAGATTTGGGTTTCCGGACCAGATTACTGGGCTGCTGCAGCTGATCCA
EST: TATATGTTATGAATGTTGAGCAAGTACTACAATCTCCGGACATGGGTGAG GAGGAGATTTGGGTTTCCGGACCAGATTACTGGGCTGCTGCAGCTGATCCAEST: gi|162201291|gb|FC376810.1|FC376810
genomic: TATATGTTATGAATGTTGAGCAAGTACTACAATCTCCGGACATGGGTGAGgtaatggcca ... cggttttcagGAGGAGATTTGGGTTTCCGGACCAGATTACTGGGCTGCTGCAGCTGATCCA
EST: TATATGTTATGAATGTTGAGCAAGTACTACAATCTCCGGACATGGGTGAG GAGGAGATTTGGGTTTCCGGACCAGATTACTGGGCTGCTGCAGCTGATCCAEST: gi|162157801|gb|FC334072.1|FC334072
genomic: TATATGTTATGAATGTTGAGCAAGTACTACAATCTCCGGACATGGGTGAGgtaatggcca ... cggttttcagGAGGAGATTTGGGTTTCCGGACCAGATTACTGGGCTGCTGCAGCTGATCCA
EST: TATATGTTATGAATGTTGAGCAAGTACTACAATCTCCGGACATGGGTGAG GAGGAGATTTGGGTTTCCGGACCAGATTACTGGGCTGCTGCAGCTGATCCAEST: gi|162273484|gb|FC449629.1|FC449629
genomic: TATATGTTATGAATGTTGAGCAAGTACTACAATCTCCGGACATGGGTGAGgtaatggcca ... cggttttcagGAGGAGATTTGGGTTTCCGGACCAGATTACTGGGCTGCTGCAGCTGATCCA
EST: TATATGTTATGAATGTTGAGCAAGTACTACAATCTCCGGACATGGGTGAG GAGGAGATTTGGGTTTCCGGACCAGATTACTGGGCTGCTGCAGCTGATCCAEST: gi|162245424|gb|FC421326.1|FC421326
genomic: TATATGTTATGAATGTTGAGCAAGTACTACAATCTCCGGACATGGGTGAGgtaatggcca ... cggttttcagGAGGAGATTTGGGTTTCCGGACCAGATTACTGGGCTGCTGCAGCTGATCCA
EST: TATATGTTATGAATGTTGAGCAAGTACTACAATCTCCGGACATGGGTGAG GAGGAGATTTGGGTTTCCGGACCAGATTACTGGGCTGCTGCAGCTGATCCAEST: gi|67700953|gb|BJ961186.1|BJ961186
genomic: TATATGTTATGAATGTTGAGCAAGTACTACAATCTCCGGACATGGGTGAGgtaatggcca ... cggttttcagGAGGAGATTTGGGTTTCCGGACCAGATTACTGGGCTGCTGCAGCTGATCCA
EST: TATATGTTATGAATGTTGAGCAAGTACTACAATCTCCGGACATGGGTGAG GAGGAGATTTGGGTTTCCGGACCAGATTACTGGGCTGCTGCAGCTGATCCAEST: gi|208386501|gb|DC956849.1|DC956849
genomic: TATATGTTATGAATGTTGAGCAAGTACTACAATCTCCGGACATGGGTGAGgtaatggcca ... cggttttcagGAGGAGATTTGGGTTTCCGGACCAGATTACTGGGCTGCTGCAGCTGATCCA
EST: TATATGTTATGAATGTTGAGCAAGTACTACAATCTCCGGACATGGGTGAG GAGGAGATTTGGGTTTCCGGACCAGATTACTGGGCTGCTGCAGCTGATCCA
genomic: TATATGTTATGAATGTTGAGCAAGTACTACAATCTCCGGACATGGGTGAGgtaatggcca ... cggttttcagGAGGAGATTTGGGTTTCCGGACCAGATTACTGGGCTGCTGCAGCTGATCCA
tgccacacgctctagcaactgaagcccacgcggctttgtgaattacggttttcagGAGGAGATTTGGGTTTCCGGACCAGATTACTGGGCTGCTGCAGCTGATCCATTGAGGGAGGTTGCTAAGCGCATTGTGGAAGACATGAATAGGAATCATT
ttttc CT-rich tract
tgaatta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaatggccaacttaccttttactggcatagttgagagtaactgaactttggtcagatcgctgatgaaacatgccacacgctctagcaactgaagcccacgcggctttgtgaattacggttttcagGAGGAGATTTGGGTTTCCGGACCAGATTACTGGGCTGCTGCAGCTGATCCATTGAGGGAGGTTGCTAAGCGCATTGTGGAAGACATGAATAGGAATCATT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA