Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgcaagtagaagtaattttcaattatcctattatcaagtattaacgtttttcaaattcacaccgttttcctctggcttttcatttgttgaaccaattcagGAAGCCAAGGTTTGCAACCATGGAAAATCTCCACATTCAAGGTGGCGAAATTATGATGATTTTAATGAGTATTTTTGGGCTCCGTTTTGCTTTGAGTTGG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S145_49V6.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S145_49V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA20G38860.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
----tgcaagt--agaagtaattttcaattatcctattatcaagtattaacgtttttcaaattcacaccgttttcctctggcttttcatttgttgaaccaattcagGAAGCCAAGGTTTGCAACCATGGAAAATCTCCACATTCAAGGTGGCGAAATTATGATGATTTTAATGAGTATTTTTGGGCTCCGTTTTGCTTTGAGTTGG
    ||       || | | |  | || || |       |||||| ||| | |||||    || | |    |    ||    ||| ||||  | ||     ||||||||||           |  |||| ||| | || |||||   |||| | |||||||||||||||||||||||||| ||                       
ttcttgttgtctaagtactgaaatgcatttgtttgggactcaagt-ttatccttttt--ggtttaaaaatatgaattcattatttacattcatggact---ttcagGAAGCTGCAAACAATGATAATGGGAAAGCACCTCATTCCTCGTGGAGGAATTATGATGATTTTAATGAGTATTTCTG-----------------------

upper sequence: PP1S145_49V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA10G44150.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
-tgcaagtagaagtaattttcaattatcctattatcaagtattaac--gtttttcaaattcacaccgttttcctctggcttttcatttgttgaaccaattcagGAAGCCAAGGTTTGCAACCATGGAAAATCTCCACATTCAAGGTGGCGAAATTATGATGATTTTAATGAGTATTTTTGGGCTCCGTTTTGCTTTGAGTTGG
 | || || |    | |  | || ||   |  | |      | |     |  ||    || | |    |    ||    |||   ||  | ||     ||||||||||           |  |||| ||| | || |||||   |||| | |||||||||||||||||||||||||| ||                       
gttcatgttgtctaagtgctgaaatacatttgtttgggacttgagtttatccttttggtttaaaaatatgaattcattatttatgttcatggact---ttcagGAAGCTGCAAACAATGATAATGGGAAAGCACCTCATTCCTCGTGGAGGAATTATGATGATTTTAATGAGTATTTCTG-----------------------


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtttttcaaattcacaccgttttcctctggcttttcatttgttgaaccaattcagGAAGCCAAGGTTTGCAACCATGGAAAATCTCCACATTCAAGGTGGCGAAATTATGATGATTTTAATGAGTATTTTTGGGCTCCGTTTTGCTTTGAGTTGG
                               ttttcattt  TA-rich tract