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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGCGAATGACTTGGCAAATGGGTTCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTGgtactaattagcactctcgcatcttcccgtcagggtggatggtcggttatctgcggcaatgttcatcctgtattctgcattgccagttgttttgttttggaggttccaaatgaatttttggactgtaaccattactctgcaatgtgcgtttgtgcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S100_198V6.2
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18326001|gb|BJ158000.1|BJ158000
EST:     TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTG                         ATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
genomic: TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTGgtactaatta ... gtttgtgcagATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
EST: gi|18361423|gb|BJ193489.1|BJ193489
EST:     TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTG                         ATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
genomic: TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTGgtactaatta ... gtttgtgcagATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
EST: gi|18325506|gb|BJ157503.1|BJ157503
EST:     TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTG                         ATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
genomic: TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTGgtactaatta ... gtttgtgcagATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
EST: gi|18332006|gb|BJ164018.1|BJ164018
EST:     GTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTG                         ATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
genomic: GTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTGgtactaatta ... gtttgtgcagATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
EST: gi|18330350|gb|BJ162356.1|BJ162356
EST:     TCGCCACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTG                         ATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
genomic: TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTGgtactaatta ... gtttgtgcagATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
EST: gi|18330756|gb|BJ162762.1|BJ162762
EST:     AAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTG                         ATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
genomic: AAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTGgtactaatta ... gtttgtgcagATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
EST: gi|18325613|gb|BJ157610.1|BJ157610
EST:     TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTG                         ATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
genomic: TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTGgtactaatta ... gtttgtgcagATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
EST: gi|18332063|gb|BJ164075.1|BJ164075
EST:     TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTG                         ATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
genomic: TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTGgtactaatta ... gtttgtgcagATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
EST: gi|18329694|gb|BJ161700.1|BJ161700
EST:     TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTG                         ATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
genomic: TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTGgtactaatta ... gtttgtgcagATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
EST: gi|18330259|gb|BJ162265.1|BJ162265
EST:     TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTG                         ATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
genomic: TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTGgtactaatta ... gtttgtgcagATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
EST: gi|18328969|gb|BJ160975.1|BJ160975
EST:     TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTG                         ATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
genomic: TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTGgtactaatta ... gtttgtgcagATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
EST: gi|18374420|gb|BJ205998.1|BJ205998
EST:     TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTG                         ATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
genomic: TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTGgtactaatta ... gtttgtgcagATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
EST: gi|18329368|gb|BJ161374.1|BJ161374
EST:     TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTG                         ATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
genomic: TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTGgtactaatta ... gtttgtgcagATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
EST: gi|18347749|gb|BJ179796.1|BJ179796
EST:     TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTG                         ATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
genomic: TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTGgtactaatta ... gtttgtgcagATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
EST: gi|18351974|gb|BJ184026.1|BJ184026
EST:     TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTG                         ATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
genomic: TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTGgtactaatta ... gtttgtgcagATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
EST: gi|18344180|gb|BJ176219.1|BJ176219
EST:     TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTG                         ATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
genomic: TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTGgtactaatta ... gtttgtgcagATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
EST: gi|18332289|gb|BJ164302.1|BJ164302
EST:     TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTG                         ATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
genomic: TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTGgtactaatta ... gtttgtgcagATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
EST: gi|18359780|gb|BJ191841.1|BJ191841
EST:     TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTG                         ATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
genomic: TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTGgtactaatta ... gtttgtgcagATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
EST: gi|18355771|gb|BJ187830.1|BJ187830
EST:     TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTG                         ATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
genomic: TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTGgtactaatta ... gtttgtgcagATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
EST: gi|18325798|gb|BJ157795.1|BJ157795
EST:     TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTG                         ATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
genomic: TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTGgtactaatta ... gtttgtgcagATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
EST: gi|18328115|gb|BJ160119.1|BJ160119
EST:     TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTG                         ATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
genomic: TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTGgtactaatta ... gtttgtgcagATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
EST: gi|18369497|gb|BJ201584.1|BJ201584
EST:     TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTG                         ATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
genomic: TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTGgtactaatta ... gtttgtgcagATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
EST: gi|18367200|gb|BJ199281.1|BJ199281
EST:     TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTG                         ATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
genomic: TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTGgtactaatta ... gtttgtgcagATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
EST: gi|18358412|gb|BJ190471.1|BJ190471
EST:     TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTG                         ATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
genomic: TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTGgtactaatta ... gtttgtgcagATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
EST: gi|18351328|gb|BJ183380.1|BJ183380
EST:     TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTG                         ATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
genomic: TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTGgtactaatta ... gtttgtgcagATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
EST: gi|18326157|gb|BJ158156.1|BJ158156
EST:     TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTG                         ATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
genomic: TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTGgtactaatta ... gtttgtgcagATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
EST: gi|18367452|gb|BJ199535.1|BJ199535
EST:     TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTG                         ATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
genomic: TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTGgtactaatta ... gtttgtgcagATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
EST: gi|18349364|gb|BJ181413.1|BJ181413
EST:     TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTG                         ATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
genomic: TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTGgtactaatta ... gtttgtgcagATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
EST: gi|18353077|gb|BJ185132.1|BJ185132
EST:     TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTG                         ATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
genomic: TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTGgtactaatta ... gtttgtgcagATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
EST: gi|18330492|gb|BJ162498.1|BJ162498
EST:     TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTG                         ATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
genomic: TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTGgtactaatta ... gtttgtgcagATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
EST: gi|18328497|gb|BJ160502.1|BJ160502
EST:     TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTG                         ATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG
genomic: TCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTGgtactaatta ... gtttgtgcagATTGCAATTGTGTTTGATTTCTTGGGTGCCATGCTGCTCGGTCGAGTGGTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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GAGCGAATGACTTGGCAAATGGGTTCGCTACCTCGGTGGGAAGCAAGACCCTGACGATGAAACAGGCCGTTCTGgtactaattagcactctcgcatcttcccgtcagggtggatggtcggttatctgcggcaatgttcatcctgtattctgcattgccagttgttttgttttggaggttccaaatgaatttttggactgtaaccattactctgcaatgtgcgtttgtgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA