1 5' 3' |
...aaaagggagcgtgagagccgaatgagtcgaaagattcatgtttggttcgggaagagatcataaaagttgtaaacttaatagcaaggtaatctactttcatTAAAAGATTTATTAGATAATCGAAAACAGAGGATCTTGAGTACTATTCGAAATTCGGAAGAATTGCGTAGAGGAACCATTGAGCAGCTCGAAAAAGCTCG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Osp1g00300.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ttcgggaagagatcataaaagttgtaaacttaatagcaaggtaatctactttcatTAAAAGATTTATTAGATAATCGAAAACAGAGGATCTTGAGTACTATTCGAAATTCGGAAGAATTGCGTAGAGGAACCATTGAGCAGCTCGAAAAAGCTCG
acttaat putative branch site (score: 13)
tctactttc putative PPT
ataaaagttgtaaact TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaaagggagcgtgagagccgaatgagtcgaaagattcatgtttggttcgggaagagatcataaaagttgtaaacttaatagcaaggtaatctactttcatTAAAAGATTTATTAGATAATCGAAAACAGAGGATCTTGAGTACTATTCGAAATTCGGAAGAATTGCGTAGAGGAACCATTGAGCAGCTCGAAAAAGCTCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
aaaaggga
- - - - - - - - - - - - - - - - -attcatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cataaaa