1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...agatgtatctgaaacaaaggagatctctcttaggccaaaacgaattcaacattgcaccttgtgagattatacgtggatgctttacatgcctccaatttagTAAGGATGCTGCTGAATCCAAAGAAAGGAGCGAAGCATTGTCTGCTGCAGCTAAGAAGTTTAAGCTCCCTTCCTCTGAAAATCTTGGAGAGATTGCTGAA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os11g39568.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tcaacattgcaccttgtgagattatacgtggatgctttacatgcctccaatttagTAAGGATGCTGCTGAATCCAAAGAAAGGAGCGAAGCATTGTCTGCTGCAGCTAAGAAGTTTAAGCTCCCTTCCTCTGAAAATCTTGGAGAGATTGCTGAA
tgcctcc CT-rich tract
agattata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agatgtatctgaaacaaaggagatctctcttaggccaaaacgaattcaacattgcaccttgtgagattatacgtggatgctttacatgcctccaatttagTAAGGATGCTGCTGAATCCAAAGAAAGGAGCGAAGCATTGTCTGCTGCAGCTAAGAAGTTTAAGCTCCCTTCCTCTGAAAATCTTGGAGAGATTGCTGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - -aaacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaacgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cattgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cttgtga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tggatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tacatgc