1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...acatacaaagcaaagaaggttgtttgcccactcggactggaagtgcacaaaattcacgcatgtcgaaatgattgtatcctatatcaaggtgactatgcagATTTCTGATACGTGTCCAGTTTGCAAAACACCATGGTATAAGGGTGGAGATAACGATGATGATGCTGATGACGACAGTGGTGGCCTCGACCTGAAGAAGA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os11g17670.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
cacaaaattcacgcatgtcgaaatgattgtatcctatatcaaggtgactatgcagATTTCTGATACGTGTCCAGTTTGCAAAACACCATGGTATAAGGGTGGAGATAACGATGATGATGCTGATGACGACAGTGGTGGCCTCGACCTGAAGAAGA
aaatgatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| acatacaaagcaaagaaggttgtttgcccactcggactggaagtgcacaaaattcacgcatgtcgaaatgattgtatcctatatcaaggtgactatgcagATTTCTGATACGTGTCCAGTTTGCAAAACACCATGGTATAAGGGTGGAGATAACGATGATGATGCTGATGACGACAGTGGTGGCCTCGACCTGAAGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
-catacaa
- - - - agcaaag
- - - - - - - - - - tgtttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcatgtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgattgt