1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtgagtatggcccatgcctcaagatatgatttctcttggaccttgtactcttttttatagtcatgtcgtatgtatttgaatttttttttcagTTATCCGGCGACCGGCTGTGAGGAAATTTTGTAATCTTCCTGCTTTGGAAGCTCAGTCTGCATCTGCAAAGAAGCAAATGTTCAATCTATTTGGTGGATC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os10g37690.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTTCTGTTACTGGATTACATCAAACTTGTTCACTCTGACATATGGTTTTG TTATCCGGCGACCGGCTGTGAGGAAATTTTGTAATCTTCCTGCTTTGGAAGEST: gi|86412552|gb|CI066957.1|CI066957
genomic: TTTCTGTTACTGGATTACATCAAACTTGTTCACTCTGACATATGGTTTTGgtgagtatgg ... tttttttcagTTATCCGGCGACCGGCTGTGAGGAAATTTTGTAATCTTCCTGCTTTGGAAG
EST: TCAAACTTGTTCACTCTGACATATGGTTTTG TTATCCGGCGACCGGCTGTGAGGAAATTTTGTAATCTTCCTGCTTTGGAAGEST: gi|88224006|gb|CI223855.1|CI223855
genomic: TCAAACTTGTTCACTCTGACATATGGTTTTGgtgagtatgg ... tttttttcagTTATCCGGCGACCGGCTGTGAGGAAATTTTGTAATCTTCCTGCTTTGGAAG
EST: TTTCTGTTACTGGATTACATCAAACTTGTTCACTCTGACATATGGTTTTG TTATCCGGCGACCGGCTGTGAGGAAATTTTGTAATCTTCCTGCTTTGGAAG
genomic: TTTCTGTTACTGGATTACATCAAACTTGTTCACTCTGACATATGGTTTTGgtgagtatgg ... tttttttcagTTATCCGGCGACCGGCTGTGAGGAAATTTTGTAATCTTCCTGCTTTGGAAG
ggaccttgtactcttttttatagtcatgtcgtatgtatttgaatttttttttcagTTATCCGGCGACCGGCTGTGAGGAAATTTTGTAATCTTCCTGCTTTGGAAGCTCAGTCTGCATCTGCAAAGAAGCAAATGTTCAATCTATTTGGTGGATC
tttttttttc CT-rich tract
tatgtatttgaatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgagtatggcccatgcctcaagatatgatttctcttggaccttgtactcttttttatagtcatgtcgtatgtatttgaatttttttttcagTTATCCGGCGACCGGCTGTGAGGAAATTTTGTAATCTTCCTGCTTTGGAAGCTCAGTCTGCATCTGCAAAGAAGCAAATGTTCAATCTATTTGGTGGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA