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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gatatgaagtgattagcttagttgaagtatcggatgaagcaatttctgccatacaacacttgtatgattgacaagatctccctttcattacttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTTCCCTTCTCGACACTTCCTTCGAGTGGCGTTGCACAGAGGCCAGTTTCTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g45820.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os06g45820.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G110408_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
gatatgaagtgattagcttagttgaagtatcggatgaagcaatttctgccatacaacacttgtatg--------attgacaagatctccctttcattacttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTTCCCTTCTCGACACTTCCTTCGAGTGGCGTTGCACAGAGGCCAGTTTCTG
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--gatgatatag--aacatagaccaagctcctgggtgatttttttcttctttgcaacaattgttcatttcactcattgacgagatctctctctc--tactttt--cagTAAGCAAAGATGGCACCACCATCCATGTGTCTTGCGGCAAAGGGGGTGCTTCCCTTCTCGGCACTTATTTCAAGTGGTGTTACACAAAGGCCAGTGTCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88407453|gb|CI586294.1|CI586294
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|29688338|gb|CB684613.1|CB684613
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|29636880|gb|CB641889.1|CB641889
EST:     GCCCANNNNNNNNNNNNTCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: GCCCA-CCCCCCCCCCCTCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|88436517|gb|CI691238.1|CI691238
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCANTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|88590228|gb|CI709063.1|CI709063
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCANTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGAAGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|29629664|gb|CB634673.1|CB634673
EST:     CCCANNNNNNNNNNNNNTCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: CCCA--CCCCCCCCCCCTCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|88454398|gb|CI569970.1|CI569970
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGGTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGGGTGCAAAGACGCCGCT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTT-GCTGCAAAGACGCCGCT
EST: gi|88298775|gb|CI565972.1|CI565972
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGTTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|88585160|gb|CI702770.1|CI702770
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|88586368|gb|CI704065.1|CI704065
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|88591824|gb|CI709879.1|CI709879
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|58606947|gb|CK034980.1|CK034980
EST:     GCTCCGATCCA-TCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: GCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|117233828|gb|CT847767.1|CT847767
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|88425698|gb|CI689349.1|CI689349
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|29625515|gb|CB630526.1|CB630526
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|29641423|gb|CB646430.1|CB646430
EST:     GGCCCANNNNNNNNNNNTCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: GGCCCACCCCCCCCCCCTCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|29617926|gb|CB622938.1|CB622938
EST:     GCCCANNNNNNNNNNNNTCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: GCCCA-CCCCCCCCCCCTCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|29622524|gb|CB627535.1|CB627535
EST:     CCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: CCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|25798258|gb|CA754219.1|CA754219
EST:     CTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCNACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: CTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|88399688|gb|CI583422.1|CI583422
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCATTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|88726840|gb|CI750495.1|CI750495
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGNAAAGACGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|88369548|gb|CI582743.1|CI582743
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGAAGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|29628597|gb|CB633608.1|CB633608
EST:     CTCCGATCCACTCAC                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: CTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|95101170|gb|CI692905.1|CI692905
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGAAGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|88587775|gb|CI705548.1|CI705548
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGNTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|88580477|gb|CI697409.1|CI697409
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAANATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|88734228|gb|CI757736.1|CI757736
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|88958933|gb|CI685743.1|CI685743
EST:     TCTCCCCTCCANGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGGTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGGTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|88345168|gb|CI628422.1|CI628422
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgccatacaacacttgtatgattgacaagatctccctttcattacttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTTCCCTTCTCGACACTTCCTTCGAGTGGCGTTGCACAGAGGCCAGTTTCTG
                    gattgac  putative branch site (score: 3)
                               tctccctttcattact  putative PPT
                                     tttcattacttttaa  TA-rich tract