Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...ttttatttgcctaagcaacttgaacattaatgaaccaatttaatagcagtaataaaattaagaataatggtagtcgtgggtggttagttttaattgttagCTCTTTCTCTGTTTGCTGGTTCTGTGTGGGGTTTTCAGATGGTGACGACCAGGAGAAATGCTGCTACCGGTGATGGCGACCAACCTGAAGGCAGCAACCA
Basic information
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os06g31440.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.gcagtaataaaattaagaataatggtagtcgtgggtggttagttttaattgttagCTCTTTCTCTGTTTGCTGGTTCTGTGTGGGGTTTTCAGATGGTGACGACCAGGAGAAATGCTGCTACCGGTGATGGCGACCAACCTGAAGGCAGCAACCA
ttttaat putative branch site (score: 3)
aataaaattaagaata TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
ttttatttgcctaagcaacttgaacattaatgaaccaatttaatagcagtaataaaattaagaataatggtagtcgtgggtggttagttttaattgttagCTCTTTCTCTGTTTGCTGGTTCTGTGTGGGGTTTTCAGATGGTGACGACCAGGAGAAATGCTGCTACCGGTGATGGCGACCAACCTGAAGGCAGCAACCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - aagcaac
- - - - - - - - - -ttgaaca
- - - - - - - - - - - - - - - -gaaccaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aataaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aagaataa