1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...tgtagttaataccaattctctgcattctcgttttgaatacaaatcccaccactaaactttcattgatttttttttccttttacaatgattgtcattttagCTTAGGAGTAGATTCAAGTCAGCTAGCAAAGCAGGCACTTACCCGAGTCCAAGGGGAGCTTGCAAAGGATGGAAGAGAGCCTGTCGGATTATCTTCTTTT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os04g33210.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTCGGCCTCTTCAACCTGAACGATCCCACCACGAACAACGTCCTTAAGAG CTTAGGAGTAGATTCAAGTCAGCTAGCAAAGCAGGCACTTACCCGAGTCCA
genomic: CTCGGCCTCTTCAACCTGAACGATCCCACCACGAACAACGTCCTTAAGAGgtttgtggtg ... gtcattttagCTTAGGAGTAGATTCAAGTCAGCTAGCAAAGCAGGCACTTACCCGAGTCCA
ccaccactaaactttcattgatttttttttccttttacaatgattgtcattttagCTTAGGAGTAGATTCAAGTCAGCTAGCAAAGCAGGCACTTACCCGAGTCCAAGGGGAGCTTGCAAAGGATGGAAGAGAGCCTGTCGGATTATCTTCTTTT
tcatttt CT-rich tract
taaactttcattgatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgtagttaataccaattctctgcattctcgttttgaatacaaatcccaccactaaactttcattgatttttttttccttttacaatgattgtcattttagCTTAGGAGTAGATTCAAGTCAGCTAGCAAAGCAGGCACTTACCCGAGTCCAAGGGGAGCTTGCAAAGGATGGAAGAGAGCCTGTCGGATTATCTTCTTTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - ataccaa
- - - - - - - - - - tgcattc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - atacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cactaaa