1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...aatgtgaaaaatccagatgtttgaaatgcacgactcttacatgtgcacccacaaatgttgccattgttggtgtttgtacccgattccttcatatttttagGGATTTTAGAAAGAATGTCACTGAAAACTGCCTACCATTTTCTCTTGGAGATGTCTTATTATTTGGAAACAAGTATAATATGGACATCACTGAGGAGCTT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g14270.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
cacccacaaatgttgccattgttggtgtttgtacccgattccttcatatttttagGGATTTTAGAAAGAATGTCACTGAAAACTGCCTACCATTTTCTCTTGGAGATGTCTTATTATTTGGAAACAAGTATAATATGGACATCACTGAGGAGCTT
ttccttcatattttt CT-rich tract
ttcatattttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aatgtgaaaaatccagatgtttgaaatgcacgactcttacatgtgcacccacaaatgttgccattgttggtgtttgtacccgattccttcatatttttagGGATTTTAGAAAGAATGTCACTGAAAACTGCCTACCATTTTCTCTTGGAGATGTCTTATTATTTGGAAACAAGTATAATATGGACATCACTGAGGAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- -gtgaaaaa
- - - - - - - - -tgtttga
- - - - - - - - - - - - -atgcacg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttgcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gttggtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtaccc