1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...ccggttttcaagcataagcagtttcagccattcagttttttttttaaaacaactccattcaggcttcagtcatacagcacttcagtttttgcatatgcagGCACAGGGAGGAAATGGTCTTGTTGAGTTTTGAGCAGAAAACATCAATTATAGAGGAGTGTGGCAAGGAGATATGTTAAGGAGATGGGCAAGAAGGGAGG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g67090.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATCGAAGTATAAGCAAGATTTCTGGGGAGGACCTGGGAAGTATAGAAAAG GCACAGGGAGGAAATGGTCTTGTTGAGTTTTGAGCAGAAAACATCAATTATEST: gi|568942|gb|D39791.1|D39791
genomic: ATCGAAGTATAAGCAAGATTTCTGGGGAGGAC-TGGGAAGTATAGAAAAGgtatgaacat ... gcatatgcagGCACAGGGAGGAAATGGTCTTGTTGAGTTTTGAGCAGAAAACATCAATTAT
EST: TATCGAAGTATAAGCAAGATTTCTGGGGAGGACTGGGAAGTATAGAAAAG GCACAGGGAGGAAATGGTCTTGTTGAGTTTTGAGCAGAAAACATCAATTATEST: gi|569113|gb|D39962.1|D39962
genomic: TATCGAAGTATAAGCAAGATTTCTGGGGAGGACTGGGAAGTATAGAAAAGgtatgaacat ... gcatatgcagGCACAGGGAGGAAATGGTCTTGTTGAGTTTTGAGCAGAAAACATCAATTAT
EST: TATCGAAGTATAAGCAAGATTTCTGGGGAGGACTGGGAAGTATAGAAAAG GCACAGGGAGGAAATGGTCTTGTTGAGTTTTGAGCAGAAAACATCAATTAT
genomic: TATCGAAGTATAAGCAAGATTTCTGGGGAGGACTGGGAAGTATAGAAAAGgtatgaacat ... gcatatgcagGCACAGGGAGGAAATGGTCTTGTTGAGTTTTGAGCAGAAAACATCAATTAT
aaaacaactccattcaggcttcagtcatacagcacttcagtttttgcatatgcagGCACAGGGAGGAAATGGTCTTGTTGAGTTTTGAGCAGAAAACATCAATTATAGAGGAGTGTGGCAAGGAGATATGTTAAGGAGATGGGCAAGAAGGGAGG
tttttgc CT-rich tract
agttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ccggttttcaagcataagcagtttcagccattcagttttttttttaaaacaactccattcaggcttcagtcatacagcacttcagtttttgcatatgcagGCACAGGGAGGAAATGGTCTTGTTGAGTTTTGAGCAGAAAACATCAATTATAGAGGAGTGTGGCAAGGAGATATGTTAAGGAGATGGGCAAGAAGGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - caagcat
- - - - - - - - - - - - - gccattc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaacaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcttcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tacagca