1 5' 3' | 2 5' 3' |
...tagaaaacgaacggagggagtactaagtactaactcgcaatattgttgcttgactgcatcccccaatacagcctaagcaaagtctggtcttcttttgcagGGTACGGTGGTCCTCCTCTTCCAGCCGGGGGAGGAGGTGGGCACCGGGGCCAGGAGGATGGTGGAAGCCGGCGCCGTGGACAACGTGGAGGCCATCTTCG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g51060.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ttgcttgactgcatcccccaatacagcctaagcaaagtctggtcttcttttgcagGGTACGGTGGTCCTCCTCTTCCAGCCGGGGGAGGAGGTGGGCACCGGGGCCAGGAGGATGGTGGAAGCCGGCGCCGTGGACAACGTGGAGGCCATCTTCG
gcttgac putative branch site (score: 3)
tctggtcttctttt putative PPT
ttctttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tagaaaacgaacggagggagtactaagtactaactcgcaatattgttgcttgactgcatcccccaatacagcctaagcaaagtctggtcttcttttgcagGGTACGGTGGTCCTCCTCTTCCAGCCGGGGGAGGAGGTGGGCACCGGGGCCAGGAGGATGGTGGAAGCCGGCGCCGTGGACAACGTGGAGGCCATCTTCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - aaacgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -agcaaag