1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
GAATTGGAAAAGTTACGCAAGCTTCATCCTGATGTGGCCATCATCTATGCTGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTGgtgagttcagttaattcattactgtttctactatgatttcttttcgaaagcttaacactactaattttagtttttaggttacaagaaaaatactctatat...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g46080.1 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTG GAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTGEST: gi|86543076|gb|CI183282.1|CI183282
genomic: TGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTGgtgagttcag ... ctcggttcagGAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTG
EST: TGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTGCCCCTGAACAATTTG GAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTGEST: gi|86543754|gb|CI183960.1|CI183960
genomic: TGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTGgtgagttcag ... ctcggttcagGAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTG
EST: TGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTG GAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTGEST: gi|86538857|gb|CI179063.1|CI179063
genomic: TGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTGgtgagttcag ... ctcggttcagGAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTG
EST: TGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTG GAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTGEST: gi|88981327|gb|CI026983.1|CI026983
genomic: TGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTGgtgagttcag ... ctcggttcagGAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTG
EST: TGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTG GAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTGEST: gi|88201494|gb|CI201849.1|CI201849
genomic: TGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTGgtgagttcag ... ctcggttcagGAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTG
EST: TGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTG GAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTGEST: gi|86494148|gb|CI136781.1|CI136781
genomic: TGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTGgtgagttcag ... ctcggttcagGAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTG
EST: TGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTG GAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTGEST: gi|88204755|gb|CI204604.1|CI204604
genomic: TGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTGgtgagttcag ... ctcggttcagGAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTG
EST: TGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTTCTTTCCCCTGAACAATTTG GAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTGEST: gi|86500096|gb|CI142729.1|CI142729
genomic: TGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTGgtgagttcag ... ctcggttcagGAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTG
EST: TGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTG GAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTGEST: gi|87021217|gb|CI295276.1|CI295276
genomic: TGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTGgtgagttcag ... ctcggttcagGAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTG
EST: TGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTG GAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTGEST: gi|88956157|gb|CI092445.1|CI092445
genomic: TGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTGgtgagttcag ... ctcggttcagGAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTG
EST: AGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTG GAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTGEST: gi|88227649|gb|CI227129.1|CI227129
genomic: AGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTGgtgagttcag ... ctcggttcagGAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTG
EST: TGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTG GAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTGEST: gi|86496100|gb|CI138733.1|CI138733
genomic: TGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTGgtgagttcag ... ctcggttcagGAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTG
EST: TGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTG GAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTGEST: gi|86539080|gb|CI179286.1|CI179286
genomic: TGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTGgtgagttcag ... ctcggttcagGAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTG
EST: TGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTG GAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTGEST: gi|88225226|gb|CI225142.1|CI225142
genomic: TGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTGgtgagttcag ... ctcggttcagGAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTG
EST: TGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTG GAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTGEST: gi|86543090|gb|CI183296.1|CI183296
genomic: TGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTGgtgagttcag ... ctcggttcagGAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTG
EST: TGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTG GAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTGEST: gi|88201959|gb|CI202314.1|CI202314
genomic: TGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTGgtgagttcag ... ctcggttcagGAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTG
EST: TGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTG GAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTGEST: gi|29662779|gb|CB659054.1|CB659054
genomic: TGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTGgtgagttcag ... ctcggttcagGAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTG
EST: TGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTG GAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTG
genomic: TGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTGgtgagttcag ... ctcggttcagGAATCAAAGATCCTTTGACAGCTTGTTGTGGTGGAGGAGGACCGTATGGTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GAATTGGAAAAGTTACGCAAGCTTCATCCTGATGTGGCCATCATCTATGCTGATTACTATGGAGCTGCCATGGAAGTTTTCCTTTCCCCTGAACAATTTGgtgagttcagttaattcattactgtttctactatgatttcttttcgaaagcttaacactactaattttagtttttaggttacaagaaaaatactctatat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaata