1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...aatgtattcaatgtttgatttaattggactaatttgatgttacacgtgttgctatattttttctataaatttaatcgaactttataaaaatcttgtttagTCAATTTTGTTTCTTTATCTGATCATTGAAATGTCGTCGGAGAATGTGCAGCTCATGCTGCCGGTGTTTTCAGCATGCTGCGAGGAGCTGATCAGCAGGT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g41820.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
gtgttgctatattttttctataaatttaatcgaactttataaaaatcttgtttagTCAATTTTGTTTCTTTATCTGATCATTGAAATGTCGTCGGAGAATGTGCAGCTCATGCTGCCGGTGTTTTCAGCATGCTGCGAGGAGCTGATCAGCAGGT
atttaat putative branch site (score: 4)
tcttgttt putative PPT
tatattttttctataa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aatgtattcaatgtttgatttaattggactaatttgatgttacacgtgttgctatattttttctataaatttaatcgaactttataaaaatcttgtttagTCAATTTTGTTTCTTTATCTGATCATTGAAATGTCGTCGGAGAATGTGCAGCTCATGCTGCCGGTGTTTTCAGCATGCTGCGAGGAGCTGATCAGCAGGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - -tgtttga
- - - - - - - - - - - - - - - - -ttgatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ataaaaa