Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TATAGGAGAAGAGGCTGTACAGCGGTTTTCTTTGCCTGCTGAGGATAAAGCTTCTCTTGAACTAGCCGAATGGGTAGCTGGTGCGTATAGAATAGCACTGgtatgcttactcttgctatttttcttcattattgccttatagatatgaattgtttggctcctctttatatccatgcacttttaactcataggcatccaca...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g40990.3
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g40990.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 10
lower sequence: Vv04s0008g04520.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 10
TATAGGAGAAGAGGCTGTACAGCGGTTTTCTTTGCCTGCTGAGGATAAAGCTTCTCTTGAACTAGCCGAATGGGTAGCTGGTGCGTATAGAATAGCACTGgtatgcttactcttg--ctatttttcttcattattgccttatagatatgaattgtttggctcct-ctttatatccatgcacttttaac--tcataggcatccaca
|||||||||||||||||| || || ||||| ||  || | || |||| |||| |||||||| |||| |||||||||| |||| | |  |||| ||||   ||| |    ||||    || |   | ||   |  || || || | ||| |  ||       | | ||||||||      | || | |   ||||  |  |     
TATAGGAGAAGAGGCTGTCCATCGATTTTCCTTATCTCCAGAAGATAGAGCTACTCTTGAATTAGCTGAATGGGTAGATGGTACCTTCAGAAGAGCATCTgtacggcccctctaaacctgtggattttatgttatgactgatcgttattatatgcagattgcatactttatattatattatttatgaggatcatttggtt-----