1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' | 17 5' 3' | 18 5' 3' | 19 5' 3' | 20 5' 3' |
21 5' 3' | 22 5' 3' |
gtatttccttctgtctactgaatcatgcatgagcatttgataagctatcgcagtgtttgaccgtactgagttctctttaatggcagGAATCCCCTTTACCTGGGAGTCATATTTGTTGTTTTCCTTGTTGGAAAAGCCATGTGGGTACAGCTAGACATTGCCAAGGAGTTCCAAAATGGATTT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g39310.1 |
intron # | 21 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTGCCGCAATGGCTATCCTTGGATTCAACGAGTTCATGACATTGTTAAA GAATCCCCTTTACCTGGGAGTCATATTTGTTGTTTTCCTTGTTGGAAAAGCEST: gi|87022912|gb|CI269848.1|CI269848
genomic: CTTGCCGCAATGGCTATCCTTGGATTCAACGAGTTCATGACATTGTTAAAgtatttcctt ... ttaatggcagGAATCCCCTTTACCTGGGAGTCATATTTGTTGTTTTCCTTGTTGGAAAAGC
EST: CTTGCCGCAATGGCTATCCTTGGATTCAACGAGTTCATGACATTGTTAAA GAATCCCCTTTACCTGGGAGTCATATTTGTTGTTTTCCTTGTTGGAAAAGCEST: gi|86479218|gb|CI121851.1|CI121851
genomic: CTTGCCGCAATGGCTATCCTTGGATTCAACGAGTTCATGACATTGTTAAAgtatttcctt ... ttaatggcagGAATCCCCTTTACCTGGGAGTCATATTTGTTGTTTTCCTTGTTGGAAAAGC
EST: CTTGCCGCAATGGCTATCCTTGGATTCAACGAGTTCATGACATTGTTAAA GAATCCCCTTTACCTGGGAGTCATATTTGTTGTTTTCCTTGTTGGAAAAGCEST: gi|87015009|gb|CI273407.1|CI273407
genomic: CTTGCCGCAATGGCTATCCTTGGATTCAACGAGTTCATGACATTGTTAAAgtatttcctt ... ttaatggcagGAATCCCCTTTACCTGGGAGTCATATTTGTTGTTTTCCTTGTTGGAAAAGC
EST: TTGGATTCAACGAGGTCATGACATTGTTAAA GAATCCCCTTTACCTGGGAGTCATATTTGTTGTTTTCCTTGTTGGAAAAGCEST: gi|88340407|gb|CI659613.1|CI659613
genomic: TTGGATTCAACGAGTTCATGACATTGTTAAAgtatttcctt ... ttaatggcagGAATCCCCTTTACCTGGGAGTCATATTTGTTGTTTTCCTTGTTGGAAAAGC
EST: CTTGCCGCAATGGCTATCCTTGGATTCAACGAGTTCATGACATTGTTAAA GAATCCCCTTTACCTGGGAGTCATATTTGTTGTTTTCCTTGTTGGAAAAGCEST: gi|58690187|gb|CK078874.1|CK078874
genomic: CTTGCCGCAATGGCTATCCTTGGATTCAACGAGTTCATGACATTGTTAAAgtatttcctt ... ttaatggcagGAATCCCCTTTACCTGGGAGTCATATTTGTTGTTTTCCTTGTTGGAAAAGC
EST: CTTGCCGCAATGGCTATCCTTGGATTCAACGAGTTCATGACATTGTTAAA GAATCCCCTTTACCTGGGAGTCATATTTGTTGTTTTCCTTGTTGGAAAAGCEST: gi|87021432|gb|CI274039.1|CI274039
genomic: CTTGCCGCAATGGCTATCCTTGGATTCAACGAGTTCATGACATTGTTAAAgtatttcctt ... ttaatggcagGAATCCCCTTTACCTGGGAGTCATATTTGTTGTTTTCCTTGTTGGAAAAGC
EST: CTTGCCGCAATGGCTATCCTTGGATTCAACGAGTTCATGACATTGTTAAA GAATCCCCTTTACCTGGGAGTCATATTTGTTGTTTTCCTTGTTGGAAAAGCEST: gi|58661468|gb|CK050148.1|CK050148
genomic: CTTGCCGCAATGGCTATCCTTGGATTCAACGAGTTCATGACATTGTTAAAgtatttcctt ... ttaatggcagGAATCCCCTTTACCTGGGAGTCATATTTGTTGTTTTCCTTGTTGGAAAAGC
EST: CTTGCCGCAATGGCTATCCTTGGATTCAACGAGTTCATGACATTGTTAAA GAATCCCCTTTACCTGGGAGTCATATTTGTTGTTTTCCTTGTTGGAAAAGCEST: gi|29641075|gb|CB646082.1|CB646082
genomic: CTTGCCGCAATGGCTATCCTTGGATTCAACGAGTTCATGACATTGTTAAAgtatttcctt ... ttaatggcagGAATCCCCTTTACCTGGGAGTCATATTTGTTGTTTTCCTTGTTGGAAAAGC
EST: GTTCATGACATTGTTAAA GAATCCCCTTTACCTGGGAGTCATATTTGTTGTTTTCCTTGTTGGAAAAGCEST: gi|29671822|gb|CB668097.1|CB668097
genomic: GTTCATGACATTGTTAAAgtatttcctt ... ttaatggcagGAATCCCCTTTACCTGGGAGTCATATTTGTTGTTTTCCTTGTTGGAAAAGC
EST: CTTGCCGCAATGGCTATCCTTGGATTCAACGAGTTCATGACATTGTTAAA GAATCCCCTTTACCTGGGAGTCATATTTGTTGTTTTCCTTGTTGGAAAAGCEST: gi|86596902|gb|CI270698.1|CI270698
genomic: CTTGCCGCAATGGCTATCCTTGGATTCAACGAGTTCATGACATTGTTAAAgtatttcctt ... ttaatggcagGAATCCCCTTTACCTGGGAGTCATATTTGTTGTTTTCCTTGTTGGAAAAGC
EST: GGATTCAACGAGTTCATGACATTGTTAAA GAATCCCCTTTACCTGGGAGTCATATTTGTTGTTTTCCTTGTTGGAAAAGCEST: gi|29675673|gb|CB671948.1|CB671948
genomic: GGATTCAACGAGTTCATGACATTGTTAAAgtatttcctt ... ttaatggcagGAATCCCCTTTACCTGGGAGTCATATTTGTTGTTTTCCTTGTTGGAAAAGC
EST: CTTGCCGCAATGGCTATCCTTGGATTCAACGAGTTCATGACATTGTTAAA GAATCCCCTTTACCTGGGAGTCATATTTGTTGTTTTCCTTGTTGGAAAAGCEST: gi|218485492|gb|FG956827.1|FG956827
genomic: CTTGCCGCAATGGCTATCCTTGGATTCAACGAGTTCATGACATTGTTAAAgtatttcctt ... ttaatggcagGAATCCCCTTTACCTGGGAGTCATATTTGTTGTTTTCCTTGTTGGAAAAGC
EST: CTTGCCGCAATGGCTATCCTTGGATTCAACGAGTTCATGACATTGTTAAA GAATCCCCTTTACCTGGGAGTCATATTTGTTGTTTTCCTTGTTGGAAAAGCEST: gi|86482562|gb|CI125195.1|CI125195
genomic: CTTGCCGCAATGGCTATCCTTGGATTCAACGAGTTCATGACATTGTTAAAgtatttcctt ... ttaatggcagGAATCCCCTTTACCTGGGAGTCATATTTGTTGTTTTCCTTGTTGGAAAAGC
EST: CTTGCCGCAATGGCTATCTTTGGATTCAACGAGTTCATGACATTGTTAAA GAATCCCCTTTACCTGGGAGTCATATTTGTTGTTTTCCTTGTTGGAAAAGC
genomic: CTTGCCGCAATGGCTATCCTTGGATTCAACGAGTTCATGACATTGTTAAAgtatttcctt ... ttaatggcagGAATCCCCTTTACCTGGGAGTCATATTTGTTGTTTTCCTTGTTGGAAAAGC
agcatttgataagctatcgcagtgtttgaccgtactgagttctctttaatggcagGAATCCCCTTTACCTGGGAGTCATATTTGTTGTTTTCCTTGTTGGAAAAGCCATGTGGGTACAGCTAGACATTGCCAAGGAGTTCCAAAATGGATTT
ctttaat putative branch site (score: 64)
ttctcttt CT-rich tract
tctttaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatttccttctgtctactgaatcatgcatgagcatttgataagctatcgcagtgtttgaccgtactgagttctctttaatggcagGAATCCCCTTTACCTGGGAGTCATATTTGTTGTTTTCCTTGTTGGAAAAGCCATGTGGGTACAGCTAGACATTGCCAAGGAGTTCCAAAATGGATTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG