Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctttcaattgtattctttaattcttcaagtttattttatattcaactttgtaaaaccggacatttgtgctaaactgctgattgatatttgtgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCTTGGATGTGCCTCCTGGCAAAATGGGGCGTGTTATTGGCAGAAAAGGATC

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g38620.1
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g38620.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G142984_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
--ctttcaattgta--ttctttaattcttcaagttta-ttttatattcaactttgtaaaaccggacatttgtgctaaactgctgattgatatttgtgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCTTGGATGTGCCTCCTGGCAAAATGGGGCGTGTTATTGGCAGAAAAGGATC
   || ||  |||   |||||| |      || |||| | ||||    |  |||  |   | |    ||||  || |  || || |  || ||||||    | |||||| |||||  ||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| || ||
acattgcatctgttacttctttgaccaaataattttaatcttatcagtatgtttacattgcagagtgtttgcactga-ttgttgttccatgtttgtg----atagATGACATTGAGGCTGATGTTTATGTTCCTGAAGCCGATATCCTGTCAGTCTTAGATGTGCCTCCTGGGAAAATGGGACGAGTTATTGGCAGAAAGGGGTC

upper sequence: LOC_Os01g38620.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G081924_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
ctttcaattgtattctttaattcttc-----aagttt----attttatattcaactttgtaaaaccggacatttgtgctaaactgctgattgatatttgtgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCTTGGATGTGCCTCCTGGCAAAATGGGGCGTGTTATTGGCAGAAAAGGATC
      |||| ||  |||| |||||      |||  |    |||||||    |  ||   |   | |    |||| ||| | ||| |  || || ||||||    | |||||  |||||| ||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| |||| ||| |||||||| || |||||||||||||| || ||
----acattgcatcttttagttctttgaccaaagactttgaattttatcagtatgttgacatctcagagtgtttgcgctga-ctgatatttcatgtttgtg----atagATGGCATTGAAGCTGATGTTTATGTTCCTGAAGTTGATATCCTATCAGTCTTAGATGTTCCTCATGGGAAAATGGGACGAGTTATTGGCAGAAAGGGGTC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|1632517|gb|C20246.1|C20246
EST:     CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|88847382|gb|CI011325.1|CI011325
EST:     CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|88202283|gb|CI202638.1|CI202638
EST:     CAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|5455349|gb|AU075592.1|AU075592
EST:     GCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: GCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|38475427|gb|CF959560.1|CF959560
EST:     CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGGGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|218496740|gb|FG958327.1|FG958327
EST:     CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|86842694|gb|CI341824.1|CI341824
EST:     TGCGGATT-GCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: TGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|27577389|gb|CB000084.1|CB000084
EST:     CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|86600577|gb|CI356334.1|CI356334
EST:     AAGTATGCGGATT-GCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: AAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|89185534|gb|CI052060.1|CI052060
EST:     AGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: AGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|86598239|gb|CI354856.1|CI354856
EST:     TAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: TAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|86871756|gb|CI331133.1|CI331133
EST:     TGCGGAGTTGCCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTCGATATCCTGTCAGTCT
genomic: TGCGGA-TTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|86538752|gb|CI178958.1|CI178958
EST:     CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|33795398|gb|CF323569.1|CF323569
EST:     CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTG
genomic: CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTG
EST: gi|2797264|gb|AA750558.1|AA750558
EST:     CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|88480662|gb|CI417933.1|CI417933
EST:     CTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|11171889|gb|AU164011.1|AU164011
EST:     CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|86892185|gb|CI332232.1|CI332232
EST:     CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|88272458|gb|CI386313.1|CI386313
EST:     TCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: TCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|88967306|gb|CI002494.1|CI002494
EST:     CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|86822549|gb|CI358056.1|CI358056
EST:     ATGCGGATT-GCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: ATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|109974656|gb|DT807029.1|DT807029
EST:     CATAAATGACACCAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|38481198|gb|CF965287.1|CF965287
EST:     CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGGCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|88219026|gb|CI220586.1|CI220586
EST:     CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|88834834|gb|CI370137.1|CI370137
EST:     GCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATT-AACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGT-GATATCCTGTCAGTCT
genomic: GCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|88965917|gb|CI006713.1|CI006713
EST:     CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|33681610|gb|CF309849.1|CF309849
EST:     CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|218500721|gb|FG955417.1|FG955417
EST:     CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|218499712|gb|FG957057.1|FG957057
EST:     CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|32948414|gb|BP184986.1|BP184986
EST:     CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|88257817|gb|CI360403.1|CI360403
EST:     CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|86540904|gb|CI181110.1|CI181110
EST:     CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGTCCACCCCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTGTATGTTCCTGAGATGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|88253685|gb|CI352311.1|CI352311
EST:     ACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATG-TTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: ACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|88844719|gb|CI021294.1|CI021294
EST:     CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|88840553|gb|CI080007.1|CI080007
EST:     CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|27577933|gb|CB000628.1|CB000628
EST:     CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|86835494|gb|CI347951.1|CI347951
EST:     CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|86836643|gb|CI347290.1|CI347290
EST:     ACAAGTATGGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: ACAAGTAT-GCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|86535832|gb|CI176038.1|CI176038
EST:     CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|88223217|gb|CI223066.1|CI223066
EST:     CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|15008152|gb|AU222540.1|AU222540
EST:     TCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: TCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|86420011|gb|CI054812.1|CI054812
EST:     CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|88269377|gb|CI380675.1|CI380675
EST:     AACAAGTATGCAGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: AACAAGTATGC-GGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|58590818|gb|CF989126.1|CF989126
EST:     GGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGTTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: GGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|86542597|gb|CI182803.1|CI182803
EST:     CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|218487806|gb|FG949430.1|FG949430
EST:     CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|88965918|gb|CI006714.1|CI006714
EST:     CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|2797475|gb|AA750769.1|AA750769
EST:     CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGG-CACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTGTGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|86540931|gb|CI181137.1|CI181137
EST:     CATAAAGGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCCCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGATGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|88970367|gb|CI383869.1|CI383869
EST:     TTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGT-GATATCCTGTCAGTCT
genomic: TTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|88272187|gb|CI388240.1|CI388240
EST:     CCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|88319583|gb|CI518427.1|CI518427
EST:     CAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|88997570|gb|CI390234.1|CI390234
EST:     CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
EST: gi|218499923|gb|FG954899.1|FG954899
EST:     CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTG                         ATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT
genomic: CATAAATGACAACAAGTATGCGGATTGGCCACCTCTTCCAACTGTCCCTGgtcagtgcat ... tgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctttgtaaaaccggacatttgtgctaaactgctgattgatatttgtgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCTTGGATGTGCCTCCTGGCAAAATGGGGCGTGTTATTGGCAGAAAAGGATC
                                  attgatattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ctttcaattgtattctttaattcttcaagtttattttatattcaactttgtaaaaccggacatttgtgctaaactgctgattgatatttgtgtcatacagATGAAATTGAACCTGATGTTTATGTTCCTGAGGTGGATATCCTGTCAGTCTTGGATGTGCCTCCTGGCAAAATGGGGCGTGTTATTGGCAGAAAAGGATC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tttgtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgctgat