Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAACCTTCTCTTTGGCTCTGAGGAAGGCCCAAGGGTTCTAAAGGCTGTTCGTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagcctttatttgactttcggcttgtcatataaactgttcagtttcacgttttggatgctctagacagttgcttcagtttcatacctatttcagctct...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g37910.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|87037608|gb|CI192230.1|CI192230
EST:     GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG                         GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: gi|58692028|gb|CK080715.1|CK080715
EST:     GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG                         GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: gi|15851494|gb|BI799770.1|BI799770
EST:     GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG                         GTACGCACTTTCGAAGCACCATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: gi|51946162|gb|CV152503.1|CV152503
EST:     GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTG-CTCAAGTCTATG                         GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: gi|29680574|gb|CB676849.1|CB676849
EST:     GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG                         GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: gi|58600998|gb|CK011526.1|CK011526
EST:     GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG                         GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: gi|29676766|gb|CB673041.1|CB673041
EST:     GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG                         GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: gi|4715545|gb|AU056661.1|AU056661
EST:     GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG                         GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTC-NTAGCGCAGTATGGAATGAAG
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: gi|66912635|gb|CX099483.1|CX099483
EST:     GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG                         GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: gi|86252598|gb|CI003934.1|CI003934
EST:     GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG                         GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: gi|88967371|gb|CI002523.1|CI002523
EST:     ACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG                         GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
genomic: ACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: gi|38482190|gb|CF966244.1|CF966244
EST:     GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG                         GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: gi|11026370|gb|AU162971.1|AU162971
EST:     GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG                         G-ACGCACTTTCGAAGCNCAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: gi|29641856|gb|CB646863.1|CB646863
EST:     GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG                         GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: gi|29683221|gb|CB679496.1|CB679496
EST:     GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG                         GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: gi|88828298|gb|CI000407.1|CI000407
EST:     GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG                         GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: gi|88246967|gb|CI246816.1|CI246816
EST:     TGGAGTTGTCTCAAGTCTATG                         GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
genomic: TGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: gi|88198477|gb|CI198327.1|CI198327
EST:     GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG                         GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: gi|4715982|gb|AU057098.1|AU057098
EST:     GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG                         GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: gi|86250668|gb|CI003786.1|CI003786
EST:     CTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG                         GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
genomic: CTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: gi|4715983|gb|AU057099.1|AU057099
EST:     CAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAANTCTATG                         GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTC-NTAGCGCAGTATGGAATGAAG
genomic: CAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: gi|38478471|gb|CF962604.1|CF962604
EST:     GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG                         GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: gi|25803682|gb|CA759643.1|CA759643
EST:     GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG                         GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: gi|38476516|gb|CF960649.1|CF960649
EST:     GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG                         GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: gi|58682333|gb|CK071020.1|CK071020
EST:     GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG                         GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATAGAA
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAAT-GAA
EST: gi|58692781|gb|CK081468.1|CK081468
EST:     GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG                         GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: gi|2275793|gb|C24770.1|C24770
EST:     TGCAACTGGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG                         GTACGCACTTTTCGAAGCACAATGCGGC
genomic: TGCAACTGG-CGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTT-CGAAGCACAATGCGGC
EST: gi|86858798|gb|CI275052.1|CI275052
EST:     GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG                         GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: gi|87039512|gb|CI194134.1|CI194134
EST:     CAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG                         GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
genomic: CAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: gi|58690733|gb|CK079420.1|CK079420
EST:     GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG                         GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: gi|8404467|gb|AU091821.1|AU091821
EST:     GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG                         GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: gi|58696195|gb|CK084882.1|CK084882
EST:     GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG                         GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: gi|2312973|gb|C29128.1|C29128
EST:     TGCAACTGGCGAACCTCTTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG                         GTACGCACTTTTCGAAGNACAATGCGGNTCGGTAGCGCAGTATGGAATGAA
genomic: TGCAACTGGCGAACCTCTT-GTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTT-CGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAA
EST: gi|88227178|gb|CI228291.1|CI228291
EST:     GTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG                         GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
genomic: GTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: gi|29641855|gb|CB646862.1|CB646862
EST:     GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG                         GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: gi|86521931|gb|CI162137.1|CI162137
EST:     GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG                         GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 70 (downstream exon)
Score: 212

AAACCTTCTCTTTGGCTCTGAGGAAGGCCCAAGGGTTCTAAAGGCTGTTCGTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAGCATATGCGTTCCTTTGCAAACATCTGCAATGCTGGCATCTCTGCTGAAG




<











<


<