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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtctccaacttttcccaattttagctaaataactgtttggccaattaatcttaaccaatcgtccttttggtttgcagACAACGGAATCTTCCCCTCCTCATCAAAGCAACAGTGGCAAAGACATCCAATATGCCCCAGGTTTAATTCCTAACGGAGGTGGGCTATCCCCTCCAGTTA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g37360.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agctaaataactgtttggccaattaatcttaaccaatcgtccttttggtttgcagACAACGGAATCTTCCCCTCCTCATCAAAGCAACAGTGGCAAAGACATCCAATATGCCCCAGGTTTAATTCCTAACGGAGGTGGGCTATCCCCTCCAGTTA
                          tcttaac  putative branch site (score: 2)
                                    tcgtcctttt  putative PPT
                    aattaatcttaa  TA-rich tract