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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atgtcactttctgcatttctgtacgttgcattaccatttcataatggattaccattgtgacactgttgctatgcaactttcaaccatactttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGGTGGTGGCATGCCATTGCCGGGCGCTCATGGAACCTGTGGGGCATGTGGC

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g35580.5
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88848961|gb|CI087483.1|CI087483
EST:     CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAA                         AGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
genomic: CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAAgtaagttgtg ... ttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
EST: gi|88833805|gb|CI077286.1|CI077286
EST:     CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAA                         AGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
genomic: CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAAgtaagttgtg ... ttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
EST: gi|88259034|gb|CI363327.1|CI363327
EST:     CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAA                         AGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
genomic: CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAAgtaagttgtg ... ttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
EST: gi|89163705|gb|CI100595.1|CI100595
EST:     CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAA                         AGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
genomic: CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAAgtaagttgtg ... ttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
EST: gi|88516926|gb|CI444580.1|CI444580
EST:     CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAA                         AGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
genomic: CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAAgtaagttgtg ... ttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
EST: gi|88903430|gb|CI088968.1|CI088968
EST:     CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAA                         AGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
genomic: CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAAgtaagttgtg ... ttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
EST: gi|86431582|gb|CI085193.1|CI085193
EST:     CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAA                         AGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
genomic: CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAAgtaagttgtg ... ttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
EST: gi|89166030|gb|CI103120.1|CI103120
EST:     CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAA                         AGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGTTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
genomic: CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAAgtaagttgtg ... ttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
EST: gi|88286713|gb|CI517824.1|CI517824
EST:     CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAA                         AGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
genomic: CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAAgtaagttgtg ... ttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
EST: gi|86419562|gb|CI054363.1|CI054363
EST:     CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAA                         AGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
genomic: CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAAgtaagttgtg ... ttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
EST: gi|89197472|gb|CI010092.1|CI010092
EST:     CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAA                         AGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
genomic: CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAAgtaagttgtg ... ttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
EST: gi|87024215|gb|CI256956.1|CI256956
EST:     CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAA                         AGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
genomic: CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAAgtaagttgtg ... ttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
EST: gi|88905798|gb|CI002136.1|CI002136
EST:     CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAA                         AGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
genomic: CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAAgtaagttgtg ... ttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
EST: gi|86254979|gb|CI017099.1|CI017099
EST:     CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAA                         AGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAAGTTGGTCAGGTTGCACAGACGACGATGG
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EST: gi|88246206|gb|CI246055.1|CI246055
EST:     CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAA                         AGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
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EST: gi|88246995|gb|CI246844.1|CI246844
EST:     CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAA                         AGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
genomic: CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAAgtaagttgtg ... ttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
EST: gi|88439305|gb|CI536277.1|CI536277
EST:     CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAA                         AGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
genomic: CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAAgtaagttgtg ... ttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
EST: gi|88966233|gb|CI013109.1|CI013109
EST:     CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAA                         AGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
genomic: CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAAgtaagttgtg ... ttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
EST: gi|88829639|gb|CI074509.1|CI074509
EST:     CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAA                         AGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
genomic: CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAAgtaagttgtg ... ttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
EST: gi|163917996|gb|EG714766.1|EG714766
EST:     CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAA                         AGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
genomic: CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAAgtaagttgtg ... ttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
EST: gi|88955973|gb|CI092261.1|CI092261
EST:     CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAA                         AGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
genomic: CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAAgtaagttgtg ... ttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
EST: gi|89173697|gb|CI041590.1|CI041590
EST:     CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAA                         AGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
genomic: CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAAgtaagttgtg ... ttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
EST: gi|88206131|gb|CI205980.1|CI205980
EST:     CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAA                         AGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
genomic: CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAAgtaagttgtg ... ttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
EST: gi|86537837|gb|CI178043.1|CI178043
EST:     CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAA                         AGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
genomic: CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAAgtaagttgtg ... ttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
EST: gi|89182025|gb|CI113531.1|CI113531
EST:     CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAA                         AGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
genomic: CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAAgtaagttgtg ... ttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
EST: gi|88843172|gb|CI372072.1|CI372072
EST:     CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAA                         AGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
genomic: CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAAgtaagttgtg ... ttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
EST: gi|88261432|gb|CI365008.1|CI365008
EST:     CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAA                         AGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
genomic: CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAAgtaagttgtg ... ttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
EST: gi|86431643|gb|CI085254.1|CI085254
EST:     CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAA                         AGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
genomic: CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAAgtaagttgtg ... ttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
EST: gi|88994507|gb|CI117659.1|CI117659
EST:     CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAA                         AGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
genomic: CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAAgtaagttgtg ... ttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
EST: gi|88982910|gb|CI250514.1|CI250514
EST:     CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAA                         AGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
genomic: CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAAgtaagttgtg ... ttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
EST: gi|88994435|gb|CI117389.1|CI117389
EST:     CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAA                         AGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
genomic: CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAAgtaagttgtg ... ttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
EST: gi|88451384|gb|CI536777.1|CI536777
EST:     CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAA                         AGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
genomic: CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAAgtaagttgtg ... ttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
EST: gi|88200989|gb|CI201344.1|CI201344
EST:     CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAA                         AGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
genomic: CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAAgtaagttgtg ... ttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
EST: gi|88993394|gb|CI257822.1|CI257822
EST:     CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAA                         AGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
genomic: CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAAgtaagttgtg ... ttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
EST: gi|88848078|gb|CI086600.1|CI086600
EST:     CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAA                         AGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG
genomic: CTGACTTGGGGGTTGGATATGCGAACTACCAGTCTCCTTACCAGGCATAAgtaagttgtg ... ttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggattaccattgtgacactgttgctatgcaactttcaaccatactttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGGTGGTGGCATGCCATTGCCGGGCGCTCATGGAACCTGTGGGGCATGTGGC
                                        atacttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atgtcactttctgcatttctgtacgttgcattaccatttcataatggattaccattgtgacactgttgctatgcaactttcaaccatactttgtatccagAGAGGAGCATCCGTGGTGCTGAGGTTGGTCAGGTTGCACAGACGAAGATGGTGGTGGCATGCCATTGCCGGGCGCTCATGGAACCTGTGGGGCATGTGGC

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