1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...ctctcatgttcctaagttaaccatgcagcttatgtccgctggtcagatcactgatcatggttgtcggattatacttgaggctgactcttgttgtgtccagGATCGTCACACAGGGCTCCTGGTGGGGACTGGTCCTAGGCGCCATGACTCTCAGCGTCTTTGGGAGCTTGATTGGCTACATCTCCCTTCTGATGCTTCTA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g34490.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
gatcactgatcatggttgtcggattatacttgaggctgactcttgttgtgtccagGATCGTCACACAGGGCTCCTGGTGGGGACTGGTCCTAGGCGCCATGACTCTCAGCGTCTTTGGGAGCTTGATTGGCTACATCTCCCTTCTGATGCTTCTA
ggctgac putative branch site (score: 3)
ctcttgtt CT-rich tract
attatactt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctctcatgttcctaagttaaccatgcagcttatgtccgctggtcagatcactgatcatggttgtcggattatacttgaggctgactcttgttgtgtccagGATCGTCACACAGGGCTCCTGGTGGGGACTGGTCCTAGGCGCCATGACTCTCAGCGTCTTTGGGAGCTTGATTGGCTACATCTCCCTTCTGATGCTTCTA
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- - catgttc
- - - - - - - - - - ccatgca
- - - - - - - - - - - - - -gcttatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - -ccgctgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catggtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaggctg