Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agctgtgccaaacaggccctacataggaaaattatcaatgtgaattactgatcagccaattgttcctacaacactttaactgaatgttttttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGCCACTTGCAATTCAATAACCAAGCAGACCGGATCCACAACGCCATCCTCC

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g16900.2
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g16900.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G404855_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
agctgtgccaaacag--gccctacataggaaaattatcaatgtgaattactgatcagccaattgttcctacaacactttaactgaatgtttt--ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGCCACTTGCAATTCAATAACCAAGCAGACCGGATCCACAACGCCATCCTCC
  ||   ||  | ||  | |   |||        ||| ||  |       |  | |    |  ||| ||| |    |||| ||| || | |   || |    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||
--cttaacctgaaagttgtctggcatgttcctgctattaacatttcggtatattgatattacagttactatat--atttacctggatttgtggattgtttttagAACCTTGCGAACCCGACTGCTCTTATGCTGAGTGCTGTCATGATGTTGCGCCACTTGCAATTCAACGACAAAGCAGACCGGATCCACAACGCCATCCTCC

upper sequence: LOC_Os01g16900.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G120857_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 7
agctgtgccaaacaggccctacataggaaaattatcaatgt---gaattactgatcagccaattgttcctacaacactttaactgaatgtttt--ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGCCACTTGCAATTCAATAACCAAGCAGACCGGATCCACAACGCCATCCTCC
         |||   | |   |||    |  || | ||  |   ||  || || |    || ||  |        ||     ||| || | ||  || |  | ||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||
-----cctaaaagttgtctggcatgttcatgttgttaacatctcgatgtattggtattacagttactatatatttacccggtctgtatttgttggttgtttctagAACCTCGCGAACCCGACTGCTCTTATGCTGAGTGCTGTCATGTTGTTGCGCCACATGCAATTCAACGACAAAGCAGACCGGATCCACAACGCCATCCTCC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|27920689|gb|CB096497.1|CB096497
EST:     TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: gi|55410982|gb|CV723358.1|CV723358
EST:     TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: gi|88975256|gb|CI023507.1|CI023507
EST:     TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: gi|29640079|gb|CB645088.1|CB645088
EST:     TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: gi|218503212|gb|FG950056.1|FG950056
EST:     TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: gi|27554418|gb|CA998318.1|CA998318
EST:     TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: gi|41883639|gb|BX928526.1|BX928526
EST:     TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: gi|16579226|gb|BI813321.1|BI813321
EST:     -TTGTCTGCCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGC-AACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: gi|33799865|gb|CF325799.1|CF325799
EST:     TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGATGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: gi|29673427|gb|CB669702.1|CB669702
EST:     TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: gi|29616639|gb|CB621651.1|CB621651
EST:     TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: gi|87036093|gb|CI189540.1|CI189540
EST:     TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: gi|88226248|gb|CI226164.1|CI226164
EST:     TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: gi|86415795|gb|CI029806.1|CI029806
EST:     TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: gi|29639682|gb|CB644691.1|CB644691
EST:     TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: gi|55410961|gb|CV723337.1|CV723337
EST:     TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: gi|29619531|gb|CB624543.1|CB624543
EST:     TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: gi|29664535|gb|CB660810.1|CB660810
EST:     TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: gi|86495897|gb|CI138530.1|CI138530
EST:     TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: gi|88829336|gb|CI074206.1|CI074206
EST:     CTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
genomic: CTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: gi|88247463|gb|CI247312.1|CI247312
EST:     TGGCAGAAGCTGTTCACGATTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
genomic: TGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: gi|27554444|gb|CA998344.1|CA998344
EST:     TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: gi|29616640|gb|CB621652.1|CB621652
EST:     TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: gi|4714232|gb|AU058199.1|AU058199
EST:     TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         ACCCTTGCAANCC-GACCGCTCTAATGCTGAGTGCTGTAATGATGTT-CGC
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: gi|29671573|gb|CB667848.1|CB667848
EST:     TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: gi|86255505|gb|CI065182.1|CI065182
EST:     TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: gi|86900281|gb|CI296324.1|CI296324
EST:     TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: gi|89181212|gb|CI045295.1|CI045295
EST:     TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
EST: gi|88974956|gb|CI023219.1|CI023219
EST:     TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAG                         AACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC
genomic: TTTGTCTGGCAGAAGCTGTTCACGGTTCTGCTCCTGATATTGCTGGCAAGgtgagttaga ... ttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tactgatcagccaattgttcctacaacactttaactgaatgttttttttccccagAACCTTGCAAACCCGACCGCTCTTATGCTGAGTGCTGTTATGATGTTGCGCCACTTGCAATTCAATAACCAAGCAGACCGGATCCACAACGCCATCCTCC
                                       tgttttttttcccc  CT-rich tract
                                   tgaatgtttttttt  TA-rich tract