1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...atatgagacaataagtagcatgatttattttgagacaataaatatgcatttgatcaactgtccattccttgtttgagattttttgtcatccatgttgcagAGATGGTGGAGGCAATGAATAGTGTGGCAAAGTTAGACGAGGGGCTGACAAAGGAGGAGAGGAACCTCCTCTCAGTTGGCTACAAGAATTTGATTGGTGC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g11110.2 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGACCTCGTCTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCCGAGCGATACGACG AGATGGTGGAGGCAATGAATAGTGTGGCAAAGTTAGACGAGGGGCTGACAAEST: gi|27576456|gb|CA999150.1|CA999150
genomic: CGACCTCGTCTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCCGAGCGATACGACGgtacgcgatc ... catgttgcagAGATGGTGGAGGCAATGAATAGTGTGGCAAAGTTAGACGAGGGGCTGACAA
EST: CGACCTCGTCTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCCGAGCGATACGACG AGATGGTGGAGGCAATGAATAGTGTGGCAAAGTTAGACGAGGGGCTGACAA
genomic: CGACCTCGTCTACATGGCCAAGCTCGCCGAGCAGGCCGAGCGATACGACGgtacgcgatc ... catgttgcagAGATGGTGGAGGCAATGAATAGTGTGGCAAAGTTAGACGAGGGGCTGACAA
gcatttgatcaactgtccattccttgtttgagattttttgtcatccatgttgcagAGATGGTGGAGGCAATGAATAGTGTGGCAAAGTTAGACGAGGGGCTGACAAAGGAGGAGAGGAACCTCCTCTCAGTTGGCTACAAGAATTTGATTGGTGC
atttgat putative branch site (score: 5)
agatttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atatgagacaataagtagcatgatttattttgagacaataaatatgcatttgatcaactgtccattccttgtttgagattttttgtcatccatgttgcagAGATGGTGGAGGCAATGAATAGTGTGGCAAAGTTAGACGAGGGGCTGACAAAGGAGGAGAGGAACCTCCTCTCAGTTGGCTACAAGAATTTGATTGGTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC
- - gagacaa
- - - - - - - - agcatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - -caataaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atgcatt