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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctcttttcattagtgttgcatggttttatcctaaaactgaatgcatgtccttttatcctccagttgtatgttacattaattgttgttactgttatctcagCTGTAGATAATGTTGTTCCACCACTGGATTGCACTCTTTTAAGTGCTTCTCCTATAGAGGGACTAAAGAAGATCACTTCTGCGTGCAGCAATCTGAAGGA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g07330.2
intron # 2
splice site 3'
intron type U2


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtccttttatcctccagttgtatgttacattaattgttgttactgttatctcagCTGTAGATAATGTTGTTCCACCACTGGATTGCACTCTTTTAAGTGCTTCTCCTATAGAGGGACTAAAGAAGATCACTTCTGCGTGCAGCAATCTGAAGGA
                            cattaat  putative branch site (score: 3)
                                              ttatctc  putative PPT
                     tatgttacattaatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ctcttttcattagtgttgcatggttttatcctaaaactgaatgcatgtccttttatcctccagttgtatgttacattaattgttgttactgttatctcagCTGTAGATAATGTTGTTCCACCACTGGATTGCACTCTTTTAAGTGCTTCTCCTATAGAGGGACTAAAGAAGATCACTTCTGCGTGCAGCAATCTGAAGGA

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