1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...aacaattattcagcaatttttcacttgagagctatccgtattttttgcttcaaatgcaactatgagaaagggatcaacactccatcatggttaactgcagGGATAAAGCTCGAGAAAAACAACGGCAGAAGACATTGAAAAGGAAAGCAGAAGAACTAGCTCTAAGGCCAGAGATAGAGAAGAGGAGGAAAGCCCCGGAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g07080.1 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAAGGGTTTACTCCTGTTAAAGATGTCGATGTTACAAAAATCAAGTACAA GGATAAAGCTCGAGAAAAACAACGGCAGAAGACATTGAAAAGGAAAGCAGA
genomic: GAAGGGTTTACTCCTGTTAAAGATGTCGATGTTACAAAAATCAAGTACAAgtaagcctgc ... ttaactgcagGGATAAAGCTCGAGAAAAACAACGGCAGAAGACATTGAAAAGGAAAGCAGA
tgcttcaaatgcaactatgagaaagggatcaacactccatcatggttaactgcagGGATAAAGCTCGAGAAAAACAACGGCAGAAGACATTGAAAAGGAAAGCAGAAGAACTAGCTCTAAGGCCAGAGATAGAGAAGAGGAGGAAAGCCCCGGAG
ggttaac putative branch site (score: 3)
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aacaattattcagcaatttttcacttgagagctatccgtattttttgcttcaaatgcaactatgagaaagggatcaacactccatcatggttaactgcagGGATAAAGCTCGAGAAAAACAACGGCAGAAGACATTGAAAAGGAAAGCAGAAGAACTAGCTCTAAGGCCAGAGATAGAGAAGAGGAGGAAAGCCCCGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - ttcagca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atgagaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atcaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctccatc