Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGGCTTATTGATACCGAACCAGTGGAAACAGGTGTACGAGATATGTGATTCGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGAgtaagcccctttgtcacatctagtccctggagtcaatggattgtggatttcatttgatttcttgcactgcctgtttatttacaactgcaaccataaagca...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g05540.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88850266|gb|CI091759.1|CI091759
EST:     CGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGA                         GTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTT
genomic: CGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGAgtaagcccct ... ggttccacagGTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTT
EST: gi|86427585|gb|CI072682.1|CI072682
EST:     CGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGA                         GTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTT
genomic: CGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGAgtaagcccct ... ggttccacagGTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTT
EST: gi|88964489|gb|CI055185.1|CI055185
EST:     CGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGA                         GTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTT
genomic: CGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGAgtaagcccct ... ggttccacagGTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTT
EST: gi|88844193|gb|CI001250.1|CI001250
EST:     CGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGA                         GTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTT
genomic: CGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGAgtaagcccct ... ggttccacagGTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTT
EST: gi|86601022|gb|CI356779.1|CI356779
EST:     CGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGA                         GTATATTCCATGATTTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTTTAGAGGCTGGCTT
genomic: CGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGAgtaagcccct ... ggttccacagGTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTT
EST: gi|86425367|gb|CI070464.1|CI070464
EST:     CGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGA                         GTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTT
genomic: CGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGAgtaagcccct ... ggttccacagGTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTT
EST: gi|89177163|gb|CI043666.1|CI043666
EST:     CGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGA                         GTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTT
genomic: CGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGAgtaagcccct ... ggttccacagGTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTT
EST: gi|86492548|gb|CI135181.1|CI135181
EST:     CGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGA                         GTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTT
genomic: CGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGAgtaagcccct ... ggttccacagGTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTT
EST: gi|86433540|gb|CI093883.1|CI093883
EST:     CGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGA                         GTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTT
genomic: CGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGAgtaagcccct ... ggttccacagGTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTT
EST: gi|88220895|gb|CI218746.1|CI218746
EST:     CGTTCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGA                         GTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTT
genomic: CGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGAgtaagcccct ... ggttccacagGTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTT
EST: gi|86426068|gb|CI071165.1|CI071165
EST:     CGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGA                         GTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTT
genomic: CGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGAgtaagcccct ... ggttccacagGTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTT
EST: gi|86545595|gb|CI185801.1|CI185801
EST:     CGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGA                         GTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTT
genomic: CGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGAgtaagcccct ... ggttccacagGTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTT
EST: gi|88532945|gb|CI462277.1|CI462277
EST:     CGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGA                         GTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTT
genomic: CGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGAgtaagcccct ... ggttccacagGTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTT
EST: gi|86489863|gb|CI132496.1|CI132496
EST:     CGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGA                         GTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTT
genomic: CGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGAgtaagcccct ... ggttccacagGTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTT
EST: gi|86255694|gb|CI066757.1|CI066757
EST:     CGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGA                         GTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTT
genomic: CGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGAgtaagcccct ... ggttccacagGTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTT
EST: gi|86435501|gb|CI106734.1|CI106734
EST:     CGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGA                         GTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTT
genomic: CGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGAgtaagcccct ... ggttccacagGTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTT
EST: gi|86497420|gb|CI140053.1|CI140053
EST:     CGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGA                         GTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTT
genomic: CGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGAgtaagcccct ... ggttccacagGTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTT
EST: gi|88994170|gb|CI116134.1|CI116134
EST:     CGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGA                         GTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTT
genomic: CGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGAgtaagcccct ... ggttccacagGTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 67 (upstream exon), 69 (downstream exon)
Score: 18

TGGCTTATTGATACCGAACCAGTGGAAACAGGTGTACGAGATATGTGATTCGTCCAGGGAATTGATTTGGCAATGCCTGATCACTGCAATGTCCTTATGAgtaagcccct ... ggttccacagGTATATTCCATGATGTTGGAGCCACCAGAAGTTTATTGTAGAGGCTGGCTTAAGAAAACGGTTTACTTGTAGCACCCTACAATTCCAGTAAATTCTTCAG




<











<


<