Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...ataaccaacggcggcgacggatcggcttcacagtcggccttggctgcggctagagaaattcttgggatggaaacgagtttagcgtttggatgtcttgcagAGAAATAGAGAAGGTGATTTATTTAGGCTCCTCTGCTCATTCACTTTGAAGGGGAGGAGGACTAGAGGTGGGGAAACAAATGGCACTGTTTGGTGGAGCT
Basic information
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g05340.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.gcggctagagaaattcttgggatggaaacgagtttagcgtttggatgtcttgcagAGAAATAGAGAAGGTGATTTATTTAGGCTCCTCTGCTCATTCACTTTGAAGGGGAGGAGGACTAGAGGTGGGGAAACAAATGGCACTGTTTGGTGGAGCT
aaattctt TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
ataaccaacggcggcgacggatcggcttcacagtcggccttggctgcggctagagaaattcttgggatggaaacgagtttagcgtttggatgtcttgcagAGAAATAGAGAAGGTGATTTATTTAGGCTCCTCTGCTCATTCACTTTGAAGGGGAGGAGGACTAGAGGTGGGGAAACAAATGGCACTGTTTGGTGGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
-taaccaa
- - - - cggcggc
- - - - - - - - - - - cggcttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gctgcgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tagagaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaaacga