Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGCCTTGACAGGACTTGTCTTCAAGGAAGGACTCTGCTATGCCAAGCTTGAAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTGgtattttaacattttcatttctttactcttgtattatttcttttactcattcgctacagaaaaatttgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G39400.2
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7686618|gb|AW757275.1|AW757275
EST:     CTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTG                         ACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG
genomic: CTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTGgtattttaac ... aaatttgcagACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG
EST: gi|17519150|gb|BM188192.1|BM188192
EST:     AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTG                         ACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG
genomic: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTGgtattttaac ... aaatttgcagACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG
EST: gi|20813295|gb|BQ297773.1|BQ297773
EST:     AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTG                         ACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG
genomic: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTGgtattttaac ... aaatttgcagACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG
EST: gi|20813455|gb|BQ297933.1|BQ297933
EST:     AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTG                         ACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG
genomic: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTGgtattttaac ... aaatttgcagACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG
EST: gi|38191377|gb|CF920583.1|CF920583
EST:     AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTG                         ACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG
genomic: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTGgtattttaac ... aaatttgcagACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG
EST: gi|22524975|gb|BU083786.1|BU083786
EST:     AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTG                         ACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG
genomic: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTGgtattttaac ... aaatttgcagACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG
EST: gi|120534415|gb|EH262548.1|EH262548
EST:     AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTG                         ACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG
genomic: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTGgtattttaac ... aaatttgcagACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG
EST: gi|5688478|gb|AI941493.1|AI941493
EST:     AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTG                         ACTGGCTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG
genomic: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTGgtattttaac ... aaatttgcagACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG
EST: gi|5819909|gb|AI988176.1|AI988176
EST:     AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTG                         ACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG
genomic: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTGgtattttaac ... aaatttgcagACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG
EST: gi|209701326|gb|BW655921.1|BW655921
EST:     AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTG                         ACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG
genomic: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTGgtattttaac ... aaatttgcagACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGCCTTGACAGGACTTGTCTTCAAGGAAGGACTCTGCTATGCCAAGCTTGAAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTGgtattttaacattttcatttctttactcttgtattatttcttttactcattcgctacagaaaaatttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA