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1  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTCACCGGCTTCTCCGAAGTTAAGGATGTCGTTGCTGTCTGCAACTGGCTTTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTGgtatccttcactctcagatctatcacttttcttgtctcaatctttttactgtttaacatcatcccatccgctttttttacctacaaatctctcaagtatc...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G39110.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151413201|gb|EV283009.1|EV283009
EST:     TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTG                         GTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
genomic: TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTGgtatccttca ... tttattacagGTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
EST: gi|13479792|gb|BG509135.1|BG509135
EST:     TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTG                         GTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
genomic: TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTGgtatccttca ... tttattacagGTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
EST: gi|298190630|gb|HO032751.1|HO032751
EST:     TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTG                         GTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
genomic: TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTGgtatccttca ... tttattacagGTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
EST: gi|209723737|gb|BW657719.1|BW657719
EST:     TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTG                         GTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
genomic: TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTGgtatccttca ... tttattacagGTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
EST: gi|298164046|gb|HO013691.1|HO013691
EST:     TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTG                         GTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
genomic: TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTGgtatccttca ... tttattacagGTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
EST: gi|207843931|gb|GD817350.1|GD817350
EST:     TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTG                         GTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
genomic: TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTGgtatccttca ... tttattacagGTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
EST: gi|151410095|gb|EV279903.1|EV279903
EST:     TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTG                         GTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
genomic: TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTGgtatccttca ... tttattacagGTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
EST: gi|213600308|gb|DB970286.1|DB970286
EST:     TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTG                         GTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
genomic: TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTGgtatccttca ... tttattacagGTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
EST: gi|26059631|gb|CA802545.1|CA802545
EST:     TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTG                         GTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
genomic: TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTGgtatccttca ... tttattacagGTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
EST: gi|151408717|gb|EV278525.1|EV278525
EST:     TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTG                         GTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
genomic: TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTGgtatccttca ... tttattacagGTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
EST: gi|298171902|gb|HO021494.1|HO021494
EST:     TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTG                         GTGCACCCATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
genomic: TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTGgtatccttca ... tttattacagGTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
EST: gi|207823904|gb|GD794579.1|GD794579
EST:     TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTG                         GTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACGAGTCATTGGTT
genomic: TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTGgtatccttca ... tttattacagGTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
EST: gi|298195724|gb|HO044115.1|HO044115
EST:     TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTG                         GTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCGTTGGTT
genomic: TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTGgtatccttca ... tttattacagGTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
EST: gi|298186407|gb|HO037040.1|HO037040
EST:     TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTG                         GTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
genomic: TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTGgtatccttca ... tttattacagGTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
EST: gi|298199457|gb|HO042820.1|HO042820
EST:     TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTG                         GTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
genomic: TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTGgtatccttca ... tttattacagGTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
EST: gi|192309396|gb|FK000604.1|FK000604
EST:     TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTG                         GTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
genomic: TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTGgtatccttca ... tttattacagGTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
EST: gi|298197103|gb|HO041846.1|HO041846
EST:     TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTG                         GTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
genomic: TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTGgtatccttca ... tttattacagGTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
EST: gi|13180833|gb|BG352173.1|BG352173
EST:     TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTG                         GTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATT
genomic: TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTGgtatccttca ... tttattacagGTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATT
EST: gi|298196028|gb|HO044419.1|HO044419
EST:     TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTG                         GTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
genomic: TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTGgtatccttca ... tttattacagGTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
EST: gi|209723738|gb|BW657720.1|BW657720
EST:     TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTG                         GTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
genomic: TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTGgtatccttca ... tttattacagGTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
EST: gi|298187758|gb|HO031715.1|HO031715
EST:     TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTG                         GTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
genomic: TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTGgtatccttca ... tttattacagGTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
EST: gi|298177658|gb|HO023677.1|HO023677
EST:     TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTG                         GTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
genomic: TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTGgtatccttca ... tttattacagGTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
EST: gi|192309957|gb|FK000605.1|FK000605
EST:     TTCCAACACTTTCTTTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTG                         GTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
genomic: TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTGgtatccttca ... tttattacagGTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
EST: gi|193403926|gb|FK367296.1|FK367296
EST:     TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTG                         GTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAAACAAGTCATTGGT
genomic: TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTGgtatccttca ... tttattacagGTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAA-CAAGTCATTGGT
EST: gi|298176148|gb|HO015553.1|HO015553
EST:     TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTG                         GTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT
genomic: TTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTGgtatccttca ... tttattacagGTGCACCTATAGCAGGGTCTGCCGTTGATCAGATTGAACAAGTCATTGGTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTCACCGGCTTCTCCGAAGTTAAGGATGTCGTTGCTGTCTGCAACTGGCTTTCCAACACTTTCTCTCTTCCCAGGATTTTGTTGCTTGGTTCTTCCGCTGgtatccttcactctcagatctatcacttttcttgtctcaatctttttactgtttaacatcatcccatccgctttttttacctacaaatctctcaagtatc

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- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cccatcc