Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagtagtaacgctttctgataccattttttaacctcttagaggagaaaataggtgtgaattgcctttaaatgtttcacctcatggttggtttgtttcagATATGGAACGAGATTTATGGATGATTATCAGGTTACAATGACCAAAAAGCTTGGCCTCCCTAAGTATAATAAGCAGATGATTAATAAACTTCTTAGCAAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G39090.2
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G39090.2 (Glycine max), 3'ss of exon 3
lower sequence: Vv06s0004g01360.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
--------------------------------gtagtagtaacgctttctgataccattttttaacctcttagaggagaaaataggtgtgaat---tgcctttaaatgtttcacctcatgg--ttggtttgtttcagATATGGAACGAGATTTATGGATGATTATCAGGTTACAATGACCAAAAAGCTTGGCCTCCCTAAGTATAATAAGCAGATGATTAATAAACTTCTTAGCAAT
                                 ||  |||     |   || |    ||  | ||||| |         | | | || | |||   ||  ||| |||   |    | |||   |||  || || |||||||||||| | |||||||||||| ||||| | || |||||||| ||| |||||||| || ||||||||||| ||| |||| |  |||||||||| ||||
gtatttgtgacttgtcaacttttatttctgacttaaaagtttgattagttggtttttttaataaacctttcttcctgacagaaaagtctcaatagttggtttttaattaatggttttatgcccttgtcttattacagATATGGAACCAAATTTATGGATGAGTATCAAGCTATAATGACCAGAAAACTTGGCCTGCCAAAGTATAATAAACAGTTGATCAGCAAACTTCTTAACAAT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|14011735|gb|BG726657.1|BG726657
EST:     CAAGCTGCTCATTTAATAAATGAAAAAGAGGCCAACTATGCTATGGAAAG                         ATATGGAACGAGATTTATGGATGATTATCAGGTTACAATGACCAAAAAGCT
genomic: CAAGCTGCTCATTTAATAAATGAAAAAGAGGCCAACTATGCTATGGAAAGgtagtagtaa ... tttgtttcagATATGGAACGAGATTTATGGATGATTATCAGGTTACAATGACCAAAAAGCT
EST: gi|9258613|gb|BE346760.1|BE346760
EST:     CAAGCTGCTCATTTAATAAATGAAAAAGAGGCCAACTATGCTATGGAAAG                         ATATGGAACGAGATTTATGGATGATTATCAGGTTACAATGACCAAAAAGCT
genomic: CAAGCTGCTCATTTAATAAATGAAAAAGAGGCCAACTATGCTATGGAAAGgtagtagtaa ... tttgtttcagATATGGAACGAGATTTATGGATGATTATCAGGTTACAATGACCAAAAAGCT
EST: gi|22523335|gb|BU082146.1|BU082146
EST:     CAAGCTGCTCATTTAATAAATGAAAAAGAGGCCAACTATGCTATGGAAAG                         ATATGGAACGAGATTTATGGATGATTATCAGGTTACAATGACCAAAAAGCT
genomic: CAAGCTGCTCATTTAATAAATGAAAAAGAGGCCAACTATGCTATGGAAAGgtagtagtaa ... tttgtttcagATATGGAACGAGATTTATGGATGATTATCAGGTTACAATGACCAAAAAGCT
EST: gi|18730535|gb|BM525932.1|BM525932
EST:     CAAGCTGCTCATTTAATAAATGAAAAAGAGGCCAACTATGCTATGGAAAG                         ATATGGAACGAGATTTATGGATGATTATCAGGTTACAATGACCAAAAAGCT
genomic: CAAGCTGCTCATTTAATAAATGAAAAAGAGGCCAACTATGCTATGGAAAGgtagtagtaa ... tttgtttcagATATGGAACGAGATTTATGGATGATTATCAGGTTACAATGACCAAAAAGCT
EST: gi|23725338|gb|BU760621.1|BU760621
EST:     CAAGCTGCTCATTTAATAAATGAAAAAGAGGCCAACTATGCTATGGAAAG                         ATATGGAACGAGATTTATGGATGATTATCAGGTTACAATGACCAAAAAGCT
genomic: CAAGCTGCTCATTTAATAAATGAAAAAGAGGCCAACTATGCTATGGAAAGgtagtagtaa ... tttgtttcagATATGGAACGAGATTTATGGATGATTATCAGGTTACAATGACCAAAAAGCT
EST: gi|15287927|gb|BI471818.1|BI471818
EST:     CAAGCTGCTCATTTAATAAATGAAAAAGAGGCCAACTATGCTATGGAAAG                         ATATGGAACGAGATTTATGGATGATTATCAGGTTACAATGACCAAAAAGCT
genomic: CAAGCTGCTCATTTAATAAATGAAAAAGAGGCCAACTATGCTATGGAAAGgtagtagtaa ... tttgtttcagATATGGAACGAGATTTATGGATGATTATCAGGTTACAATGACCAAAAAGCT
EST: gi|17963094|gb|BM269847.1|BM269847
EST:     CAAGCTGCTCATTTAATAAATGAAAAAGAGGCCAACTATGCTATGGAAAG                         ATATGGAACGAGATTTATGGATGATTATCAGGTTACAATGACCAAAAAGCT
genomic: CAAGCTGCTCATTTAATAAATGAAAAAGAGGCCAACTATGCTATGGAAAGgtagtagtaa ... tttgtttcagATATGGAACGAGATTTATGGATGATTATCAGGTTACAATGACCAAAAAGCT
EST: gi|21677670|gb|BQ630021.1|BQ630021
EST:     CAAGCTGCTCATTTAATAAATGAAAAAGAGGCCAACTATGCTATGGAAAG                         ATATGGAACGAGATTTATGGATGATTATCAGGTTACAATGACCA
genomic: CAAGCTGCTCATTTAATAAATGAAAAAGAGGCCAACTATGCTATGGAAAGgtagtagtaa ... tttgtttcagATATGGAACGAGATTTATGGATGATTATCAGGTTACAATGACCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gaaaataggtgtgaattgcctttaaatgtttcacctcatggttggtttgtttcagATATGGAACGAGATTTATGGATGATTATCAGGTTACAATGACCAAAAAGCTTGGCCTCCCTAAGTATAATAAGCAGATGATTAATAAACTTCTTAGCAAT
                                             tttgtttc  CT-rich tract
                    tttaaatgttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtagtagtaacgctttctgataccattttttaacctcttagaggagaaaataggtgtgaattgcctttaaatgtttcacctcatggttggtttgtttcagATATGGAACGAGATTTATGGATGATTATCAGGTTACAATGACCAAAAAGCTTGGCCTCCCTAAGTATAATAAGCAGATGATTAATAAACTTCTTAGCAAT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG