Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGGATTTTGACCTGTTTGCTGGTGTACGTGGTACTTATATTCATACCAAAAATCAAGACCATGAAACTTTCATCAATCAACTGCTTGTGGAACTTGATGGgtaatctgtagtgttttgcttcttttggctgtctgagaatgaatatatgctcatatgtaagtaatagctgacaactggttgttatgctatgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G37020.1
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G37020.1 (Glycine max), 5'ss of exon 12
lower sequence: Vv14s0030g02190.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 9
AGGATTTTGACCTGTTTGCTGGTGTACGTGGTACTTATATTCATACCAAAAATCAAGACCATGAAACTTTCATCAATCAACTGCTTGTGGAACTTGATGGgtaatctgtagtgttttgcttcttttggctgtctgagaatgaatatatgctcatat---gtaagtaatagctgacaactggttgttatgctatgcag---
| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |  | |||||| || ||||| || || |||||  ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||    |   | || | |  ||       || | | |   | | |  | ||||   | | |  | | |   | ||    |   |   |   ||    
AAGATTTTGACCTCTTTGCTGGTGTCCGTGGCAAGTTTATTCACACTAAAAAGCAGGATCATGAGGCTTTCATTAATCAGCTTCTTGTGGAACTTGATGGgtaattctcataatctttcattgttcattgaactaacattttgtttttatttatattgaggatgagacatccttccacaatatacaaatttgatcaaaac