1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...aacccctcatatggtaatgtttgcacataaattgaaaataataatttggatgtggatgagttatatttgtgatgttgtttagtgaatgatcccaatgcagCAGTTTCAGGGCCAGGCAGCTGCAGCTCCAGCGTCAATGGCTGCTATGCCACAACCACCTGGGATCCGCCCTCGTGTGAGAGCAAGAAGAGGGCAAGCTA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G36770.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCCTCCACCACCTCGTCAGCCACAACTCCACCTCCACCATCATAACCAA ---TTTCAGGGCCAGGCAGCTGCAGCTCCAGCGTCAATGGCTGCTATGCCA
genomic: TGCCTCCACCACCTCGTCAGCCACAACTCCACCTCCACCATCATAACCAAgtaaattatt ... cccaatgcagCAGTTTCAGGGCCAGGCAGCTGCAGCTCCAGCGTCAATGGCTGCTATGCCA
ttggatgtggatgagttatatttgtgatgttgtttagtgaatgatcccaatgcagCAGTTTCAGGGCCAGGCAGCTGCAGCTCCAGCGTCAATGGCTGCTATGCCACAACCACCTGGGATCCGCCCTCGTGTGAGAGCAAGAAGAGGGCAAGCTA
agttatattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aacccctcatatggtaatgtttgcacataaattgaaaataataatttggatgtggatgagttatatttgtgatgttgtttagtgaatgatcccaatgcagCAGTTTCAGGGCCAGGCAGCTGCAGCTCCAGCGTCAATGGCTGCTATGCCACAACCACCTGGGATCCGCCCTCGTGTGAGAGCAAGAAGAGGGCAAGCTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
-acccctc
- - - - - - - - - - -tgcacat
- - - - - - - - - - - - - - - - - aaaataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtggatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gatgttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgaatga