Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatggtgtttagcatgattggttggataggattagtactttaattgtttttgttggaaacctgaaagttttctttattctccctatatcagGCTTTAGGGATGCCTCAAGAAGCTATTGCATGTTATCAACATGCTCTTCAGACACGGCCAAACTATGGCATGGCTTATG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G36330.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|20814864|gb|BQ299342.1|BQ299342
EST:     TAAAACCTTCCTTCCCTGATGCATATCTGAACCTTGGGAATGTATACAAG                         GCTTTAGGGATGCCTCAAGAAGCTATTGCATGTTATCAACATGCTCTTCAG
genomic: TAAAACCTTCCTTCCCTGATGCATATCTGAACCTTGGGAATGTATACAAGgtatggtgtt ... cctatatcagGCTTTAGGGATGCCTCAAGAAGCTATTGCATGTTATCAACATGCTCTTCAG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

actttaattgtttttgttggaaacctgaaagttttctttattctccctatatcagGCTTTAGGGATGCCTCAAGAAGCTATTGCATGTTATCAACATGCTCTTCAGACACGGCCAAACTATGGCATGGCTTATG
 ctttaat  putative branch site (score: 4)
                               ttttctttattctccc  putative PPT
                           aaagttttctttatt  TA-rich tract