1 5' 3' |
...tgattgcccccattgttggtgaattgtattgtacattgagaattcggtgcaattggcatggttgtaatgttgaatgatgctatcattgtatcatttacagTGGCAATGGCTTATGTGGATGAGGATGGTACTTCTGGCTCTGGTGAAGATGTGCATATGTTGGATGGACATAAGCGTCACCCTGTTGTTGTGCCGTCTGG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G35730.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGAATTGACATCATCTTCCGACAGAG TGGCAATGGCTTATGTGGATGAGGATGGTACTTCTGGCTCTGGTGAAGATGEST: gi|298189003|gb|HO035728.1|HO035728
genomic: GGAATTGACATCATCTTCCGACAGAGgtacgatttt ... tcatttacagTGGCAATGGCTTATGTGGATGAGGATGGTACTTCTGGCTCTGGTGAAGATG
EST: CAACGCTTCGTTACCCTGACTAGCGGAATTGACATCATCTTCCGACAGAG TGGCAATGGCTTATGTGGATGAGGATGGTACTTCTGGCTCTGGTGAAGATGEST: gi|151406084|gb|EV275899.1|EV275899
genomic: CAACGCTTCGTTACCCTAACTAGCGGAATTGACATCATCTTCCGACAGAGgtacgatttt ... tcatttacagTGGCAATGGCTTATGTGGATGAGGATGGTACTTCTGGCTCTGGTGAAGATG
EST: CAACGCTTCGTTACCCTAACTAGCGGAATTGACATCATCTTCCGACAGAG TGGCAATGGCTTATGTGGATGAGGATGGTACTTCTGGCTCTGGTGAAGATGEST: gi|298167355|gb|HO012618.1|HO012618
genomic: CAACGCTTCGTTACCCTAACTAGCGGAATTGACATCATCTTCCGACAGAGgtacgatttt ... tcatttacagTGGCAATGGCTTATGTGGATGAGGATGGTACTTCTGGCTCTGGTGAAGATG
EST: CAACGCTTCGTTACCCTAACTAGCGGAATTGACATCATCTTCCGACAGAG TGGCAATGGCTTATGTGGATGAGGATGGTACTTCTGGCTCTGGTGAAGATG
genomic: CAACGCTTCGTTACCCTAACTAGCGGAATTGACATCATCTTCCGACAGAGgtacgatttt ... tcatttacagTGGCAATGGCTTATGTGGATGAGGATGGTACTTCTGGCTCTGGTGAAGATG
ggtgcaattggcatggttgtaatgttgaatgatgctatcattgtatcatttacagTGGCAATGGCTTATGTGGATGAGGATGGTACTTCTGGCTCTGGTGAAGATGTGCATATGTTGGATGGACATAAGCGTCACCCTGTTGTTGTGCCGTCTGG
tatcattta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgattgcccccattgttggtgaattgtattgtacattgagaattcggtgcaattggcatggttgtaatgttgaatgatgctatcattgtatcatttacagTGGCAATGGCTTATGTGGATGAGGATGGTACTTCTGGCTCTGGTGAAGATGTGCATATGTTGGATGGACATAAGCGTCACCCTGTTGTTGTGCCGTCTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - cccccat
- - - - - - - gttggtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cggtgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcatggt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgatgct